Z flagą Rosjanie mieli nie mniejszy problem niż z hymnem. Zmieniali ją kilka razy i wciąż się o nią spierają. Obowiązujący dzisiaj biało-niebiesko-czerwony sztandar wywodzi się z tradycji floty. Wprowadził go w 1693 r. car Piotr Wielki, jako banderę najpierw marynarki wojennej, a potem handlowej. Gdy powoli uzyskiwała status nieoficjalnej flagi narodowej, car nadał marynarce banderę z krzyżem św. Andrzeja (andriejewskij fłag).
Kiedy w 1858 r. Aleksander II zwrócił się do znanego heraldyka von Koehnego o opracowanie oficjalnej flagi narodowej, ten przedstawił sztandar czarno-żółto-biały, nawiązujący kolorami do herbu Imperium Rosyjskiego i dynastii Romanowów. Nie cieszyła się ona jednak popularnością. Zaprzestano jej używać w 1882 r., a rok później Aleksander III nakazał używanie biało-niebiesko-czerwonej bandery handlowej przy uroczystościach państwowych. Trzynaście lat później, w 1896 r., tuż przed koronacją cara Mikołaja II, zatwierdzono ją jako oficjalną flagę Rosji. Po obaleniu cara jeszcze do kwietnia 1918 r. była to flaga Rosji Radzieckiej, potem bolszewicy zastąpili trzy kolory czerwoną płachtą ze złotymi literami RSFSR, których miejsce po utworzeniu ZSRR zajął sierp, młot i pięcioramienna gwiazda. (Sama Republika Rosyjska otrzymała pionowy, niebieski pas przy drzewcu). Borys Jelcyn w 1991 r. przywrócił flagę trójkolorową, którą 8 grudnia 2000 r. Duma oficjalnie uznała za flagę Federacji Rosyjskiej.
Nie zakończyło to jednak sporów. Po 1989 r. pod flagą czerwoną występują komuniści, pod biało-niebiesko-czerwoną demokraci, a pod czarno-żółto-białą nacjonaliści, którzy cały czas wypominają, że obowiązującej dzisiaj flagi w czasie II wojny światowej używały też oddziały kolaborującej z Niemcami armii gen.