Na progu wojny. PKP w II RP do przyszłej wojny przygotowywała się starannie. Dbano nie tylko o stan parowozów i zapas węgla, stan bocznic i kolejowej łączności, ale i o dobór pracowników. Opiniował ich wojskowy kontrwywiad. Ograniczano zatrudnianie przedstawicieli mniejszości narodowych. Dyrektorzy okręgów, naczelnicy różnych biur, po zawiadowców najmniejszych stacji, w pancernych szafach mieli dokładne instrukcje, mapy wycofywania, rozkłady jazdy i gotowe rozkazy na czas mobilizacji i wojny.
W 1939 r. mobilizacja kolei przebiegła sprawnie. Gorzej wypadła mobilizacja armii, której potrzeby przerosły możliwości przewozowe PKP. Aby im sprostać, kolej musiałaby sformować 3 tys. eszelonów, na co zabrakło czasu. Już po paru dniach kampanii kolej, praktycznie pozbawiona osłony przeciwlotniczej i zablokowana transportami ewakuacyjnymi, stanęła, co też przyczyniło się do klęski wrześniowej 1939 r.
Zarządy okupacyjne. Obaj okupanci podbitą Polską podzielili się mniej więcej po połowie i wprowadzili własne porządki. Sowieci szyny przekuli na szeroki tor i do niego przystosowali polski tabor. Niemcy w Generalnym Gubernatorstwie powołali zarządzającą kolejami generalną dyrekcję z siedzibą w Krakowie i utworzyli policję kolejową – Bahnschutz. Koleje na ziemiach wcielonych do Rzeszy włączyli do Deutsche Reichsbahn. Kolejową infrastrukturę szybko odbudowali ze zniszczeń i od 1940 r. w ramach planu Otto zaczęli przygotowania do ataku na ZSRR. Rozbudowywali węzły kolejowe i parowozownie, m.in. w Poznaniu, Gnieźnie i Skierniewicach. Modernizowali szlaki z zachodu na wschód i powiększali ich przepustowość poprzez budowę drugich torów (m.in. na jednotorowej dotąd linii między Poznaniem a Warszawą).