Idea. W 1546 r. Andrzej Frycz Modrzewski w „Mowie o wysłaniu posłów na sobór chrześcijański” podniósł sprawę reformy Kościoła. Wedle niego sobór miałby objąć wszystkie chrześcijańskie wyznania, a papież utraciłby autorytet głowy Kościoła oraz prawo wyboru i konsekracji biskupów. Modrzewski apelował do Zygmunta Augusta o zwołanie synodów diecezjalnych i prowincjonalnych przed soborem powszechnym w Trydencie (1545–63); postulował również udział innowierców w polskim synodzie narodowym.
Frycz nie był pierwszy. Już w XV w. wojewoda poznański Jan Ostroróg w projekcie reform domagał się unarodowienia Kościoła i podporządkowania go państwu. Ziarno zostało posiane, i na sejmach w 1548, 1552, 1555 r. sprawy wyznaniowe wciąż powracały. Szlachta domagała się zniesienia sądów duchownych wobec ludzi świeckich, celibatu księży, wprowadzenia języka polskiego w liturgii i komunii pod dwiema postaciami. Sprawy te miał uregulować właśnie sobór narodowy, co kuria rzymska uznała za groźbę wyodrębnienia się Kościoła polskiego.
Wbrew pokutującym poglądom o słabej pozycji króla w polskim systemie ustrojowym to głównie od niego zależało, czy uda się idee Kościoła narodowego wprowadzić. Wyższe duchowieństwo uzbrojone w Confessio fide catholicae Christiana (Wyznanie wiary katolickiej), pióra biskupa Stanisława Hozjusza, oczekiwało od Zygmunta Augusta poparcia dla odnowy Kościoła w duchu papieskim. Innowiercy oczekiwali zwołania soboru narodowego, który podjąłby sprawę utworzenia Kościoła narodowego z królem na czele. Inicjatywę tę wspierał znany w Europie ewangelik Jan Łaski, bratanek prymasa Polski Jana Łaskiego, który wrócił z Anglii do Polski w 1556 r.
Bój o sądy. Jednak Zygmunt August, pomimo sympatii dla reformacji, wstrzymał się z konwersją.