W Magdalence oczywiście do żadnej zdrady nie doszło. W podwarszawskiej willi MSW od 16 września 1988 r. odbywały się typowe dla wszelkich poważnych negocjacji wąskie spotkania miarodajnych przedstawicieli obu stron. Solidarność reprezentowali w nich m.in.: Lech Wałęsa, Tadeusz Mazowiecki, Bronisław Geremek, Jacek Kuroń, Adam Michnik, Lech Kaczyński. Stronę rządową m.in.: Janusz Reykowski, Stanisław Ciosek, Aleksander Kwaśniewski, czasem Czesław Kiszczak. We wszystkich negocjacjach w Magdalence brali udział przedstawiciele Kościoła, zwykle ks. Alojzy Orszulik, rzecznik prasowy episkopatu.
Szczegółowe zapisy tych negocjacji zostały opublikowane w latach 90., ale wyznawcy teorii spiskowych nie chcą ich czytać, udają, że takich zapisów nie ma, lub wierzą, że celowo ukryto ich prawdziwą treść. Tymczasem w Magdalence prowadzono negocjacje na tematy związane z zasadami przyszłych wyborów i kompetencji organów władzy, np. ile trzeba będzie głosów, by odrzucić weto prezydenta. W ramach przetargu Kwaśniewski zaproponował wolne wybory do Senatu, czym zaskoczył swych kolegów z delegacji rządowej. Ostatecznie z tej propozycji się nie wycofano i wybory czerwcowe 1989 r. do Senatu były całkowicie wolne.
Jednym z elementów negocjowanych w tym kontekście była kwestia kompetencji przyszłego prezydenta. Nie padło nazwisko Wojciecha Jaruzelskiego, choć było oczywiste, że przywódcy PZPR myślą o nim. Działacze Solidarności na temat personaliów się nie wypowiadali, koncentrując uwagę na takim określeniu kompetencji prezydenta, by nie mógł on dowolnie narzucać swej woli parlamentowi. W rozmowach uzgadniano szczegóły projektu przyszłego podziału miejsc w Sejmie między dwie trzecie, które miała obsadzić PZPR i jej sojusznicy, oraz jedną trzecią, która miała być obsadzona w wolnych wyborach.