Zmuszony do wyboru strony. Rody Sobieskich i Lubomirskich były spowinowacone, a Sobieski jako chorąży koronny od 1657 r. podlegał hetmanowi polnemu koronnemu Jerzemu Lubomirskiemu. Cenił go jako wodza i uznawał za opiekuna. Do ochłodzenia stosunków doszło wobec forsowania przez króla Jana Kazimierza i jego żonę Ludwikę Marię Gonzagę kandydatury francuskiej do tronu Rzeczpospolitej w ramach planów elekcji vivente rege (wybór nowego władcy za życia panującego). Lubomirski na sejmach lat 1661–62 zdystansował się wobec planów pary królewskiej, podczas gdy Sobieski wszedł do stronnictwa profrancuskiego. Chorąży koronny był jednak przeciwny wytoczeniu Lubomirskiemu procesu o zdradę stanu na sejmie 1664 r. Nie wziął udziału w sądzie sejmowym, a wyrok skazujący na utratę urzędów, infamię i banicję nie zyskał jego aprobaty.
Dwór naciskał na Sobieskiego, aby przyjął po Lubomirskim marszałkostwo wielkie koronne. Ten nie palił się do objęcia urzędu, zdając sobie sprawę, że spotka się to z krytyką szlachty i wojska, wśród którego eksmarszałek cieszył się popularnością. Ale odmowa zahamowałaby jego karierę i oddaliła związek z Marią Kazimierą d’Arquien. Mimo że dyplomy na marszałkostwo wystawiono z datami styczniowymi 1665 r., dopiero po tajemnym ślubie z Marysieńką (14 maja) przyjął urząd po Lubomirskim.
Z listów do Marysieńki z okresu wojny domowej w Polsce dowiadujemy się, jak mocno przeżył wyrok wydany na swego dawnego wodza i sytuację, w jakiej się znalazł w obozie królewskim. W korespondencji z 25 maja 1666 r. pisał: „Dzień sądu pana Lubomirskiego był dzień ostatni wszystkiego mego szczęścia, bom przezeń i miłość u ludzi, i wszystkie swoje utracił ukontentowania”.
W bratobójczej walce. Wobec zbrojnego wystąpienia oddziałów Lubomirskiego przeciw królowi rozpoczęły się działania wojenne, a w obozie Jana Kazimierza nie mogło zabraknąć nowo mianowanego marszałka koronnego.