Krew i flegma. Wojewoda Jakub Sobieski, ojciec Marka i Jana, dbał o zdrowie potomstwa. W tym celu napisał instrukcję, z której dowiadujemy się o kondycji młodych Sobieskich. Wojewoda zauważał, że jego synowie „podlegli są temu, że im krew często ciecze”. Jan miewał krwotoki z nosa, cierpiał prawdopodobnie na skazę krwotoczną i na nasilone nieżyty górnych dróg oddechowych. Dlatego ojciec zalecał, by we środy, kiedy pobożna szlachta dodatkowo pościła, podawano mu mięso, a nie ryby.
Ale pomimo mięsnych środków wzmacniających młodszy Sobieski w nocy mógł sypiać tylko z otwartymi ustami, a po przebudzeniu „poduszki pełne były flegmy”. W wieku dojrzałym do dolegliwości dołączył się ból głowy, co może miało związek z zajętymi zatokami, a może były to migreny mające podłoże psychosomatyczne.
Humory. Jan Sobieski nie był uosobieniem pogody ducha. Uchodził za porywczego i zmiennego w nastrojach. 20 maja 1665 r. książę Bogusław Radziwiłł pisał z ironią do narzeczonej Marii Anny Radziwiłłówny, że ślub Sobieskiego z Marysieńką „dobrze nagrodzi p. Zamoyskiej, która trafi na tak humorowatego męża, jakiego w Polszcze nie masz”. Niejedyna to wzmianka o nierównowadze emocjonalnej Sobieskiego.
Co zatem trapiło hetmana, że był humorzasty? Cierpienie psychiczne, związana z tym zmienność nastrojów i bóle pojawiają się często wtedy, gdy oczekiwania rozmijają się z rzeczywistością. Matka, surowa Zofia Teofila z Daniłowiczów, wyznaczyła synom jedyną drogę życia, oczekując spełnienia misji: Marek i Jan mieli się stać mścicielami pradziada Stanisława Żółkiewskiego, który zginął po bitwie z Turkami pod Cecorą, i pogromcami bisurmanów (jak pogardliwie nazywano wyznawców islamu). Zofia Teofila była też przeciwna związkowi z Marią Kazimierą.