Na słowiańsko-krzyżackim pograniczu. Po raz pierwszy Gdańsk jest wzmiankowany jako Gyddanyzc urbs, na skraju państwa Bolesława Chrobrego, w „Żywocie św. Wojciecha” spisanym w Rzymie w latach 998–999. W I połowie XI w. w widłach Motławy i Wisły został wzniesiony gród, który stał się centrum administracyjnym Piastów na Pomorzu Gdańskim. Po 1138 r. władzę nad miastem i dzielnicą pomorską sprawowali książęta z lokalnej dynastii. W 1294 r. miasto ponownie znalazło się w granicach monarchii piastowskiej, a w 1308 r. zajął je wraz z całym Pomorzem Gdańskim Zakon Niemiecki. Po wybuchu powstania stanów pruskich przeciw krzyżakom zostało ono 6 marca 1454 r. włączone do Korony Polskiej.
W II połowie XII w. obok osady rzemieślniczej, rozwijającej się przy grodzie, zaczęła się kształtować osada targowa przy kościele św. Mikołaja. W latach 20. XIII w. ukształtowała się wokół kościoła św. Katarzyny niemiecka gmina, wzmiankowana w 1236 r. jako civitas, której książę Świętopełk zamierzał nadać prawo lubeckie. Plan ten został zrealizowany prawdopodobnie dopiero w latach 1257–63. Świadectwem intensywnego życia miasta było sprowadzenie dominikanów, którym Świętopełk w 1227 r. przekazał kościół św. Mikołaja.
Wzrost znaczenia handlu wiślanego przyciągnął do Gdańska kupców z Lubeki, którzy w 1298 r. otrzymali od księcia Władysława Łokietka prawo do założenia handlowego kantoru z pełnym immunitetem sądowym. Na początku XIV w. gdański ośrodek stanowił już znaczącą konkurencję dla Elbląga, głównego miasta portowego państwa Zakonu Niemieckiego. Okazję do osłabienia pozycji rywala dało krzyżakom wezwanie ich przez Władysława Łokietka do pomocy w obronie Gdańska przed atakiem wojsk margrabiów brandenburskich. Rycerze zakonni wkroczyli do miasta i zajęli gród, skąd wbrew umowie z księciem usunęli polską załogę.