Jako córka Jana II Kastylijskiego (pan. 1406–54) należała do rządzącej Kastylią i Leónem dynastii Trastamara. Po śmierci ojca stała się narzędziem w rękach możnowładców zbuntowanych przeciw jej przyrodniemu bratu, królowi Henrykowi Bezsilnemu (pan. 1454–74). Chętnych do jej ręki – jako potencjalnej dziedziczki całej Kastylii – było wielu (z królem Francji na czele). Brat preferował takich kandydatów na męża, dzięki którym mógłby zmusić ją do wyjazdu z kraju. W porozumieniu z kastylijskimi elitami Izabela zdecydowała jednak inaczej. Nawiązała tajne kontakty z dworem aragońskim i tamtejszym następcą tronu Ferdynandem. Negocjacje trwały kilka miesięcy – ostatecznie małżeństwo zawarto 14 października 1469 r. w Valladolid bez zgody Henryka. Była to jedna z najbardziej brzemiennych w skutki decyzji w dziejach Półwyspu Iberyjskiego – położyła podwaliny pod unię personalną między królestwami Kastylii i Aragonii.
Po śmierci Henryka w 1474 r. Izabela została obwołana królową Kastylii. Podczas koronacji w Segowii nie pozostawiła wątpliwości, że zamierza osobiście sprawować rządy. Jadąc konno, przyjęła od przedstawicieli szlachty obnażony miecz zwrócony ku górze – tradycyjny symbol władzy królewskiej. Kiedy do przebywającego w Saragossie Ferdynanda dotarły wieści, że Izabela przyjęła miecz, król był zszokowany. Jak pisze Sarah Gristwood w książce „Gra królowych”: „Przerażony król Aragonii protestował, twierdząc, że nigdy nie słyszał o królowej uzurpującej sobie prawo do tego męskiego atrybutu”.
Izabela nie zamierzała grać przy Ferdynandzie (pan. w Kastylii i León 1474–1504, w Aragonii, Sardynii i Sycylii 1479–1514) drugich skrzypiec. Układ sił w małżeństwie odzwierciedlał polityczną przewagę Kastylii nad Aragonią.