Wędrówki myśliwych. Generalnie uważa się, że protoplastami Japończyków są ludy paleoazjatyckie z północno-wschodniej Azji, z Syberii, oraz ludy pochodzenia protomalajskiego z Azji Południowo-Zachodniej i rejonu mórz południowych. Zasiedlały Wyspy Japońskie w kilku falach, ale dokładnie nie wiadomo, kiedy i jakimi drogami się to odbywało. Prawdopodobnie pierwsze grupy hominidów dotarły tu już w epoce lodowcowej, ok. 300–200 tys. lat p.n.e., kiedy wyspy były połączone ze sobą i z kontynentem (z Sachalinem na północy i Półwyspem Koreańskim na zachodzie). Wtedy przywędrowały tu mamuty, słonie Naumana, bizony, niedźwiedzie brunatne, olbrzymie jelenie, a za nimi przyszli myśliwi. Homo sapiens pojawili się ok. 40–30 tys. lat temu i stopniowo zasiedlali nieobjęte lodowcem tereny. Ludność ta prowadziła półkoczowniczy tryb życia i utrzymywała się z myślistwa, zbieractwa oraz z rybołówstwa.
Akumulacja migracji. Ok. 13 tys. lat temu klimat zaczął się ocieplać, lodowce stopniały – Japonia podzieliła się na wyspy. Wzbogacił się świat roślinny i zwierzęcy, zaczęły wyodrębniać różnice regionalne. Japończyk okresu Jōmon (Wzorów Sznurowych; do III w. p.n.e.) nadal polował, łowił i zbierał, ale zaczął też uprawy kopieniacze (odwracanie gleby przy zastosowaniu ręcznych narzędzi), budował coraz większe osiedla. Coraz piękniej ozdabiał naczynia ceramiczne (japońska ceramika jest najstarsza na świecie), wyrabiał ozdoby i amulety.
Nowa kultura, wraz z kolejną falą emigracji z kontynentu, tym razem od strony Chin i Półwyspu Koreańskiego, pojawiła się na północy Kiusiu prawdopodobnie na przełomie IV i III w. p.n.e. i przesuwała się na południe i wschód, stopniowo wypierając lub wchłaniając kulturę poprzedniego okresu. Niosła z sobą metal (brąz i żelazo) oraz rolnictwo (mokra uprawa ryżu), co pozwoliło na osiadły tryb życia i poprawiło jego warunki.