Pierwsze ślady przygotowań do tej akcji można znaleźć już w rozkazie z 18 sierpnia 1920 r., a więc w czasie bitwy warszawskiej. M.in. przywracał on 19 dywizji piechoty, posiadającej w swym składzie znaczny procent Kresowców, jej dawną nazwę 1 dywizji litewsko-białoruskiej i przenosił ją w skład 2 armii, by mogła „stanąć od razu jako straż przednia do oczyszczania swej ściślejszej ojczyzny od nieprzyjaciela”. Ponadto pod koniec sierpnia wprowadzono niezrozumiały dla niewtajemniczonych podział wojska na formacje regularne i nieregularne, zaliczając do tych ostatnich ww. dywizję. Wzięła ona później udział w bitwie nadniemeńskiej walcząc na lewym skrzydle, a więc na kierunku wileńskim.
Prawdopodobnie już w połowie września podjął Piłsudski ostateczną decyzję w sprawie zajęcia Wilna przez „zbuntowane” oddziały wileńskie. „Bunt” ten miał zdjąć z rządu polskiego i Naczelnego Dowództwa odpowiedzialność za złamanie umów, a jednocześnie stanowić dogodne wyjaśnienie dla Ligi Narodów. Dowodzenie tą akcją powierzył Piłsudski gen. Lucjanowi Żeligowskiemu. W dużej mierze o wyborze tym zadecydował fakt, że generał pochodził z terenów Wileńszczyzny. Pod jego rozkazy oddana została w pierwszych dniach października grupa „Bieniakonie” w składzie: 1 dywizja litewsko-białoruska, 13 i 211 pułk ułanów oraz oddział ochotniczy majora Kościałkowskiego.
W ustalaniu planu akcji udział brali oprócz Piłsudskiego także generałowie Rydz-Śmigły, Berbecki, Żeligowski, Rządkowski i płk Koc. Natomiast w przygotowaniu strony politycznej zaangażowani byli Witold Abramowicz, płk Leon Bobicki i kpt.