Dyktator Niemieckiej Republiki Demokratycznej (państwa powołanego do życia w 1949 r. w obrębie sowieckiej strefy okupacyjnej Niemiec) Erich Honecker rządził swoim krajem od 1971 r., gdy został sekretarzem generalnym SED (partii wschodnioniemieckich komunistów). Uchodził za najbardziej fanatycznego ideologicznie w gronie ówczesnych satelitów Moskwy. Koncepcję pierestrojki Michaiła Gorbaczowa, ostatniego przywódcy ZSRR, uważał za błąd i słabość.
Tymczasem obie strony miały świadomość, że NRD jest państwem niewydolnym. 12 października 1989 r. ideologiczny sekretarz SED Kurt Hager poleciał do Moskwy omówić techniczne aspekty odsunięcia Honeckera. 17 października na posiedzeniu Biura Politycznego premier NRD Willi Stoph z zaskoczenia postawił wniosek o odwołanie Honeckera z funkcji. Poparł go szef Stasi (służby bezpieczeństwa) Erich Mielke, który zagroził, że w razie oporu upubliczni materiały kompromitujące Honeckera.
Prawdopodobnie chodziło o wydarzenia z marca 1945 r., kiedy Honecker, odbywający karę więzienia w III Rzeszy, jako wzorowy więzień został oddelegowany do naprawy dachu w więzieniu kobiecym. Nawiązał tam bliższy kontakt ze strażniczką więzienną. Podczas bombardowania więzienia uciekł i ukrył się w jej mieszkaniu. Po kilku dniach zdecydował się wrócić. Władze więzienne nie wyciągnęły wobec niego żadnych konsekwencji. Wśród starych funkcjonariuszy partyjnych krążyły plotki, że za cenę odstąpienia od kary mógł denuncjować innych.
W październiku 1989 r. Honecker zgodził się ustąpić.
W tym czasie przykład Polski pokazywał, że i w komunizmie coś się może zmieniać. Obywatele NRD tysiącami zaczęli uciekać ze swojego kraju, głównie przez Węgry i Czechosłowację, dokąd mogli jeździć bez specjalnych zezwoleń. W kilka tygodni liczba uciekinierów przekroczyła 200 tys.! Zmian nie dało się już zatrzymać. Powołano nowy rząd, który 9 listopada 1989 r. ogłosił otwarcie granicy z RFN. W grudniu przyjechał do NRD kanclerz Helmut Kohl dla przedyskutowania warunków dołączenia wschodnich landów do RFN, co oficjalnie nazwano ponownym zjednoczeniem. W lipcu 1990 r. NRD wprowadziła walutę RFN, a po przejściu całej formalnej procedury zanikła 3 października 1990 r.
Jeszcze w czasie istnienia NRD jej parlament powołał komisję do badania korupcji w aparacie państwa, który sformułował zarzuty m.in. wobec Honeckera. Symbolicznie policja kryminalna przeprowadziła 7 grudnia 1989 r. rewizję w jego domu w dotychczas zamkniętym i pilnowanym przez wojsko partyjnym osiedlu Wandlitz pod Berlinem. Dom został mu odebrany, a jako rekompensatę otrzymał mieszkanie w Berlinie. Honecker nie przyjął go i ogłosił się publicznie bezdomnym.
Na początku stycznia 1990 r. poddał się badaniu specjalnej komisji lekarskiej, powołanej przez... państwową telewizję NRD, która zdiagnozowała u niego raka nerki. Kiedy 29 stycznia został aresztowany jako podejrzany z paragrafów kryminalnych, po kilkunastu godzinach został zwolniony z powodu stanu zdrowia uniemożliwiającego pobyt w areszcie. Możliwość mieszkania w domu parafialnym zaoferował mu z powodów humanitarnych jeden z pastorów spod Berlina. Na skutek demonstracji oburzonych całym zajściem obywateli NRD Honecker z żoną schronili się na terenie koszar Armii Radzieckiej.
W dzień poprzedzający zjednoczenie Niemiec Prokuratura Generalna NRD w jednym ze swych ostatnich aktów przekazała sprawę postępowania o przestępstwa gospodarcze Ericha Honeckera do Prokuratury Generalnej RFN. Sąd rejonowy dla dzielnicy Berlin-Tiergarten wydał nakaz aresztowania. Nie został on wykonany, ponieważ 13 marca 1991 r. wywieziono Honeckera z Niemiec sowieckim samolotem wojskowym. Rosjanie odwołali się do wciąż jeszcze de iure obowiązującego reżimu okupacyjnego Niemiec, ustalonego w 1945 r. (i zniesionego formalnie dopiero 15 marca 1991 r., dwa dni po ewakuacji Honeckera). Na mocy tych zasad suwerenność Niemiec nie była pełna, a spod kontroli władz niemieckich była wyłączona działalność wojsk aliantów. Można więc powiedzieć, że ostatnim aktem okupacyjnym było wywiezienie z terytorium Niemiec Ericha Honeckera.
Honeckerowie zamieszkali w Moskwie. Kiedy istnienie ZSRR zbliżało się do końca, prezydent Rosji Borys Jelcyn przekazał Honeckerowi wiadomość, żeby opuścił ten kraj, ponieważ może zostać wydalony do Niemiec na podstawie obowiązującego listu gończego. 11 grudnia Honeckerowie schronili się w ambasadzie Chile, państwa, gdzie po odsunięciu od władzy gen. Pinocheta silne były lewicowe i prokomunistyczne sympatie, a ambasador w Moskwie był kiedyś uchodźcą przyjętym przez NRD. Władze niemieckie poleciły swojemu przedstawicielowi w Santiago de Chile, aby przekazał władzom tego kraju, że jeżeli chcą odbudować opinię państwa prawa, nie mogą udzielić azylu osobie ściganej listem gończym i ukrywającej się przed prawem.
W Niemczech rozgorzała dyskusja, czy Honecker jest naprawdę chory, czy tylko symuluje. W lutym 1992 r. minister sprawiedliwości Rosji publicznie zadeklarował, że Rosja przestrzega prawa i jeżeli Erich Honecker opuści ambasadę Chile, zostanie zatrzymany i przekazany do Niemiec. Rząd w Chile odwołał za złe pełnienie obowiązków swojego ambasadora z Moskwy, a prezydent kraju powiadomił kanclerza Niemiec, że Honecker opuści terytorium ambasady. Rzeczywiście, nakłoniono go do tego (podobno nie było to łatwe) i 29 lipca 1992 r. wyszedł z ambasady, został zatrzymany przez policję rosyjską i przewieziony samolotem do Berlina. Tam został formalnie aresztowany i osadzony w więzieniu Berlin-Moabit (co dla Niemców brzmi, tak jak dla warszawiaków: na Rakowieckiej).
Kiedy Honecker trafił do Berlina, sytuacja polityczna w Niemczech była już inna niż w czasie jesieni narodów w 1989 r. Emocje czy nawet czasem nienawiść Niemców z NRD do byłego dyktatora osłabły. W kraju rządzili urzędnicy i prawnicy, głównie z Niemiec zachodnich, którzy kierowali się ściśle rozumianą literą prawa. Wielu z nich traktowało Ericha Honeckera jako byłego szefa powszechnie uznawanego międzynarodowo państwa o nazwie NRD, który był partnerem dla władz Niemiec, przyjmowanym podczas oficjalnych wizyt i podpisującym umowy międzynarodowe i którego nie można było w związku z tym postawić przed sądem innego państwa, w tym także Republiki Federalnej Niemiec. Prawnicy powoływali się również na zasady Traktatu Zjednoczeniowego, gdzie zapisano, że wszelkie sprawy z czasów NRD będą osądzane wedle zasad wówczas obowiązujących. W takiej perspektywie np. skazywanie za działalność antysocjalistyczną nie było przestępstwem.
Zwolennicy postawienia władz NRD przed sądem poszukiwali więc możliwości oskarżenia komunistycznych przywódców i aparatczyków na bazie prawa NRD, jakkolwiek byłoby to paradoksalne i niezgodne z ładem moralnym. W tym kontekście podniesiono sprawę zabijania ludzi przy przekraczaniu byłej granicy NRD-RFN. Prawo NRD zezwalało funkcjonariuszom straży granicznej i policji „w sytuacjach nadzwyczajnych” na strzelanie do osób próbujących nielegalnie pokonać granicę państwową, ale nakazywało „w granicach możliwości chronić życie ludzkie”, a osobom zranionym natychmiast udzielać pomocy medycznej. Nie zezwalało również na stosowanie min-pułapek i urządzeń samostrzelających, które zabiły najwięcej osób podczas próby przekraczania granicy.
Na Honeckera czekał już w Berlinie obszerny, bo liczący 783 strony maszynopisu, akt oskarżenia o zabójstwo 68 osób podczas przekraczania granicy (chodziło o znane i udokumentowane przypadki zastrzelenia przez funkcjonariuszy; ogółem na granicy zginęło 1000–1100 osób, głównie w wyniku działania automatycznych urządzeń technicznych). Erich Honecker miał stanąć przed sądem razem z byłym premierem NRD, byłym szefem Stasi, byłym ministrem obrony narodowej oraz byłym szefem sił zbrojnych NRD.
W akcie oskarżenia precyzyjnie opisano kolejne zarządzenia, polecenia i rozkazy budowy coraz bardziej wyrafinowanych zasadzek na granicy, proces tworzenia „przestrzeni dogodnej do oddania strzału” oraz przekazywanie zapewnień funkcjonariuszom, że „ci towarzysze, których strzały będą skuteczne... będą nagradzani”. Wedle aktu oskarżenia spełniało to kryteria łamania prawa poprzez naruszenie zasady maksymalnej troski o ochronę życia ludzkiego.
Ze względu na stan zdrowia Honeckera i b. premiera NRD Stopha sąd w Moabicie zdecydował się odwołać do zasady oszczędności procesowej i ograniczyć się do analizy jedynie 12 z przedstawionych w akcie oskarżenia 68 przypadków.
Proces Honeckera i jego towarzyszy rozpoczął się 12 listopada 1992 r. Honecker miał konkretny plan: wystąpienie przed sądem, które – jak uważał – będzie podsumowaniem jego roli w historii. Po wygłoszeniu takiego przemówienia interesowało go już jedynie, jak uniknąć dalszego procesu i wyjechać do Chile, gdzie wciąż miał sympatyków. Na szóstym posiedzeniu sądu oddano głos Honeckerowi. Sala była pełna dziennikarzy. Honecker przygotowywał się do tego dnia przez kilka tygodni. Zastosował taktykę, którą wielu prawników i dziennikarzy w Niemczech porównuje do tej, jaką posłużył się Hermann Göring podczas procesu norymberskiego. Nie trzymając się bezpośrednio tematyki aktu oskarżenia, wyłożył swoje założenia światopoglądowe, w świetle których uprawnione były decyzje, jakie podejmował, i oświadczył, że postawienie go przed sądem nie jest żadnym aktem sprawiedliwości, ale jedynie zemstą zwycięzców. Retorycznie pytał, kto osądził podejmujących decyzje polityczne związane z zabijaniem ludzi z czasów wojny wietnamskiej, wojny o Falklandy czy inwazji na Grenadę w 1983 r. Sąd pozwolił mu bez przerywania na trwającą sporo ponad godzinę wypowiedź.
Honecker twierdził, że stoi w jednym szeregu z takimi ludźmi postawionymi przed niemieckimi sądami, jak Karol Marks, August Bebel czy Karl Liebknecht. O Niemczech po 1990 r. powiedział: „To nie jest państwo prawa, to jest państwo prawicowców”. Dłuższy fragment swojego wystąpienia poświęcił wizycie w Niemczech zachodnich w 1987 r., opisywał ceremonialną galę, która jej towarzyszyła i zakończył ten fragment efektownym chwytem retorycznym: „Są tylko dwie możliwości: albo politycy Republiki Federalnej z własnej woli i świadomie poszukiwali towarzystwa mordercy, albo teraz również z pełną świadomością czerpią przyjemność z tego, że niewinni ludzie oskarżani są o morderstwa”.
Ciekawy był fragment, w którym twierdził, że nie ponosi odpowiedzialności za decyzję o budowie muru berlińskiego, ponieważ była podjęta na posiedzeniu Układu Warszawskiego w Moskwie 5 sierpnia 1961 r., a NRD dostało ją do realizacji. Stwierdził również, że powstanie muru ocaliło miliony istnień ludzkich, ponieważ uchroniło świat przed konfliktem zbrojnym Układu Warszawskiego i NATO. Dlatego też – mówił – przyjmuje odpowiedzialność za śmierć ludzi przy przekraczaniu granicy NRD, „ale bez prawnej ani moralnej winy”. Honecker zakończył swoją mowę stwierdzeniem, że w zamyśle organizatorów jego proces ma być odpowiednikiem Norymbergi dla komunizmu, ale „w NRD nie było komór gazowych i gestapo”.
Od następnego dnia procesu adwokaci Honeckera walczyli już tylko o wyłączenie go z postępowania i zwolnienie z aresztu. Najpierw odwoływali się do naruszenia godności Honeckera jako polityka i działacza państwowego, którego poniża postawienie przed sądem. Kiedy sąd odrzucił tę logikę, powrócono do złego stanu zdrowia, uniemożliwiającego nawet śledzenie przebiegu procesu.
Sąd Krajowy w Berlinie na posiedzeniu 13 stycznia 1993 r. zwolnił Honeckera z więzienia ze względu na stan zdrowia. Nie rozpatrzył przy tym w ogóle kwestii istnienia drugiego wydanego za nim listu gończego i drugiego aktu oskarżenia. Wyrok wzbudził wiele protestów na terenie b. NRD, zwłaszcza wśród ofiar i rodzin zabitych.
Erich Honecker bezpośrednio z sądu pojechał na lotnisko, skąd odleciał do Brazylii, a później dalej do Chile. Wielu dziennikarzy zdumiało, że cała logistyka podróży była przygotowana, jakby już wcześniej wiedziano, jakie będzie rozstrzygnięcie Sądu Krajowego.
Erich Honecker zmarł 29 maja 1994 r. w Santiago de Chile.