Kiedy hetman w wieku około 72 lat wyruszał na ostatnią wyprawę do Mołdawii, nie cieszył się popularnością wśród szlachty. Początki kariery zawdzięczał związkom ojca – też Stanisława – z Janem Zamoyskim, który jako kanclerz i hetman wielki koronny za panowania Stefana Batorego wyrósł na istnego wicekróla Rzeczpospolitej. Dotąd nie wiemy z pewnością, czy byli spokrewnieni, natomiast wiemy, że Żółkiewski stał się czołowym „zamoyszczykiem”. W 1584 r. kanclerz zdusił opozycję Zborowskich, do czego przyczynił się Żółkiewski, aresztując Samuela Zborowskiego, którego głowa spadła na szafocie z wyroku Zamoyskiego. Tym samym w oczach szlachty Żółkiewski opowiedział się przeciw demokracji szlacheckiej, choć na ile dotyczyło to demokracji, a na ile warcholstwa trudno osądzić – interpretacje historyków zmieniały się w ciągu wieków.
Buława za kolano
Tymczasem Żółkiewski zdobywał ogromne doświadczenie wojenne. Pod bokiem Stefana Batorego i Zamoyskiego dusił bunt Gdańska (1577), wziął udział w zwycięskiej wojnie o Inflanty z carem Iwanem IV (1579–81). Po śmierci Batorego wraz ze swym patronem opowiedział się po stronie siostrzeńca Anny Jagiellonki Zygmunta Wazy, a przeciw elekcji arcyksięcia Maksymiliana Habsburga na tron polski. Doszło do bratobójczych walk i bitwy pod Byczyną na Śląsku w styczniu 1588 r., w której Żółkiewskiemu przestrzelono kolano; odtąd utykał do końca życia. Arcyksiążę dostał się do niewoli Zamoyskiego, a poświęcenie opłaciło się Żółkiewskiemu, gdyż w listopadzie 1588 r. otrzymał buławę hetmana polnego koronnego, kasztelanię lwowską i starostwa.
Do jego obowiązków należała teraz obrona „południowej ściany”: granic nękanych przez najazdy tatarskie. Brał też udział w 1595 r. w wyprawie Zamoyskiego pod Cecorę w Mołdawii, z której i Polska, i Turcja chciały uczynić księstwo buforowe.