Kiedy hetman w wieku około 72 lat wyruszał na ostatnią wyprawę do Mołdawii, nie cieszył się popularnością wśród szlachty. Początki kariery zawdzięczał związkom ojca – też Stanisława – z Janem Zamoyskim, który jako kanclerz i hetman wielki koronny za panowania Stefana Batorego wyrósł na istnego wicekróla Rzeczpospolitej. Dotąd nie wiemy z pewnością, czy byli spokrewnieni, natomiast wiemy, że Żółkiewski stał się czołowym „zamoyszczykiem”. W 1584 r. kanclerz zdusił opozycję Zborowskich, do czego przyczynił się Żółkiewski, aresztując Samuela Zborowskiego, którego głowa spadła na szafocie z wyroku Zamoyskiego.