Na fali zmian, które przyniósł Październik 1956 r., znacznemu ociepleniu uległy również stosunki państwa z Kościołem katolickim. Nowe władze z Władysławem Gomułką na czele zostały zmuszone do znaczącej modyfikacji dotychczasowej polityki wyznaniowej – uchwalono znacznie mniej restrykcyjny dekret o obsadzie stanowisk kościelnych, zlikwidowano referaty ds. wyznań w prezydiach powiatowych rad narodowych, wyrażono zgodę na wydawanie nowych tytułów prasy katolickiej, zezwalano na budowę świątyń i kaplic, a do szkół powróciły krzyże i nauka religii.
Dość szybko okazało się jednak, że Gomułka traktował prawa przywrócone Kościołowi jako rozwiązanie taktyczne. Okrzepnięcie nowej ekipy władzy, rozwianie nadziei na uregulowanie stosunków z Watykanem za pośrednictwem prymasa Wyszyńskiego, a nade wszystko energiczna realizacja przez Kościół programu duszpasterskiego, związanego z milenium Chrztu Polski, spowodowały stopniowe odchodzenie od ustępstw.
Momentem zwrotnym w polityce wyznaniowej państwa było brutalne najście milicji w lipcu 1958 r. na Instytut Prymasowski Ślubów Narodu na Jasnej Górze, konfiskata wydawnictw kościelnych oraz aresztowanie jego świeckich i duchownych pracowników. Dało to początek planowym restrykcjom wobec Kościoła katolickiego, przede wszystkim administracyjnym; nie wahano się używać sił policyjnych. Ograniczano budownictwo sakralne, laicyzowano życie społeczne, zwłaszcza szkolnictwo i służbę zdrowia, ograniczano działalność duszpasterską i drastycznie zwiększono obciążenia podatkowe Kościoła.
Pod koniec 1959 r. wprowadzono państwowy nadzór nad seminariami duchownymi, a komisje kontrolne pojawiły się w seminariach w pierwszym kwartale roku następnego.