Wśród części wojskowych gen. Stanisław Koziej uchodzi za analityka oderwanego od rzeczywistości. Kogoś w rodzaju Barona Münchhausena polskiej teorii wojskowości. Ci, którzy znają go lepiej, wiedzą, że z Münchhausenem łączy go tylko to, że tak jak baron wyciągnął się z bagna za włosy, tak Koziej ciężką pracą wyciągnął się z głębokiej biedy i doszedł do ministerialnego stanowiska. On sam zarzutami o snuciu fantastycznych wizji się nie przejmuje. – Jak w 1989 r. twierdziłem, że Polska musi zacząć rozważać wejście do NATO, to moi dawni koledzy ze Sztabu Generalnego mówili, że zwariowałem. Na początku lat 90. znów podpadłem, bo napisałem, że armię trzeba ograniczyć do 150 tys. Gen. Użycki krzyczał, że chcę zniszczyć polskie wojsko. A teraz mamy stutysięczną armię i jesteśmy w NATO. Życie nauczyło mnie nie przejmować się atakami – tłumaczy Koziej.
Odchodząc z funkcji wiceministra obrony narodowej za czasów Radka Sikorskiego i rzucając teczką doradcy ministra Bogdana Klicha udowodnił, że za własne racje gotów jest też polec. – Studiowaliśmy na jednym roku, ale Stanisław był w innej kompanii – wspomina gen. prof. Bolesław Balcerowicz. – Kiedy później obserwowałem jego karierę, zauważyłem, że to self-made man, człowiek samoróbny, jak ja to nazywam. Taki typ, który do wszystkiego doszedł sam. A że doszedł daleko, to znaczy, że musiał w siebie wierzyć. Będzie trudnym partnerem dla każdego, kto myśli inaczej niż on.
Stanisław Koziej na szefa BBN powołany został 13 kwietnia, zaledwie trzy dni po tragicznej śmierci poprzednika – Aleksandra Szczygły.