Organizatorzy Kongresu podkreślali nieustannie, iż odbywa się on po raz pierwszy na uczelni świeckiej – Uniwersytecie Adama Mickiewicza. Cóż z tego, skoro do wygłoszenia referatu na sesjach ogólnych nie poproszono żadnej świeckiej osoby. Głos zabierali wyłącznie księża i zakonnicy. Jako że każdy dzień Kongresu rozpoczynała msza, okazję do wystąpienia na szerokim forum mieli jeszcze ponadto kościelni hierarchowie. Abp Michalik pouczył tedy teologów, iż ich refleksja „musi mieć odwagę stawiania pytań”, ale „ma też czuwać, żeby nie stracić kontaktu z życiem ludzi wierzących”. Bp Dziuba (ordynariusz łowicki i przewodniczący Rady Naukowej Konferencji Episkopatu Polski) dla odmiany zgodził się z twierdzeniem, iż teolog powinien reprezentować w swych dociekaniach postawę krytyczną, ale dobrze, gdyby jej towarzyszyło stałe memento, iż teologia „rozwija się i żyje w Kościele i dla Kościoła”.
Można w tych zdaniach biskupów widzieć aprobatę wolności badań teologicznych. Można je jednakowoż traktować jako przezorne ostrzeżenia, by nie wychylać się zanadto poza oficjalne watykańskie dyrektywy. Nie bez powodu przecie prelegentem już w pierwszym dniu obrad był abp Celestino Migliore – nowy nuncjusz apostolski w Polsce. Z tych samych pewnie względów, tuż przed zakończeniem Kongresu, wysłano oficjalny telegram do Benedykta XVI, w którym uczestnicy zapewnili papieża o swojej nadziei, iż „owoce refleksji, dokonanej w świetle Bożego Objawienia, pomogą dzisiejszym chrześcijanom lepiej poznać prawdę o sobie samych oraz o Chrystusie, który jest pełnią sensu ludzkiego istnienia”. Bez wątpienia telegram ten nie miał na celu uspokojenia ewentualnych reakcji Kongregacji Nauki Wiary – strażniczki katolickiej doktryny, której obecny gospodarz Watykanu był, jak wiadomo, przez lata „pancernym” szefem.