Śledztwo zostało wszczęte w 2006 r. „Robocza wersja umorzenia tego postępowania – jako dokument wewnętrzny – powinna być gotowa późną jesienią tego roku (2012 – red.), między wrześniem a grudniem. To bardzo obszerny materiał, który wymaga opracowania” – mówiła w maju zeszłego roku naczelnik pionu śledczego katowickiego IPN prokurator Ewa Koj. Kiedy zakończy się śledztwo? – Aby je zakończyć, musimy wdrożyć pewne czynności. Zmierzamy zrobić to w I kwartale przyszłego roku – mówi tajemniczo Andrzej Arseniuk, rzecznik IPN. Siedem lat śledztwa w tej sprawie kosztowało dotąd podatników 378 185,16 zł.
Instytut od dawna zapowiadał, że postępowanie zakończy się umorzeniem. Jednak – jak podkreślają śledczy – zakończenie postępowania w żaden sposób nie przekreśla jego wartości dokumentacyjnej. Prokuratorzy IPN musieli przeanalizować ponad 180 tomów akt materiału archiwalnego. Analizowali też materiały z zagranicy: z Niemiec, Holandii, Ukrainy, Bułgarii, Turcji i Włoch. Zebrane dowody wskazują, że z Alim Ağcą współpracowali tureccy przestępcy i kontrolujący ich funkcjonariusze służb specjalnych Bułgarii. Istnieje też podejrzenie, że funkcjonariusze tych służb grozili zamachowcowi, chcąc wpłynąć na jego zeznania.
W szczęcie śledztwa IPN uzasadniał tym, że Jan Paweł II był Polakiem, a przestępstwo można kwalifikować jako tzw. zbrodnię komunistyczną, czyli ścigany przez IPN, nieprzedawniający się na normalnych zasadach czyn funkcjonariusza państwa komunistycznego.