Jego nazwisko wcześnie stało się synonimem awangardy. Pierwsze nonkonformistyczne utwory pisał jeszcze jako student w pierwszej połowie lat 50. Kilka lat później (1958) opublikował przełomową książkę „Nowa muzyka. Problemy współczesnej techniki kompozytorskiej”, która nie miała dotąd sobie podobnych na polskim rynku; doczekała się kolejnych wydań. Napisał też monografię „Klasycy dodekafonii”, dwutomowy leksykon kompozytorów XX w., a w latach 70. – jedyny w swoim rodzaju podręcznik „Wstęp do kompozycji”.
Twórca wszechstronny
Nie było chyba drugiego tak płodnego kompozytora w historii muzyki polskiej: Bogusław Schaeffer stworzył w sumie ok. 550 utworów. W kompozycji nowość, odkrywczość była dla niego celem nadrzędnym. W każdym z tych swoich kilkuset utworów rozwiązywał jakiś problem. Jednocześnie wiele jego partytur odznacza się dużym walorem estetycznym od strony wizualnej – niejednokrotnie bywały eksponowane na wystawach muzyki graficznej. Ale niezwiązane z muzyką grafiki tworzył również – głównie w latach 60. i 70. Był też jednym z pierwszych współpracowników Studia Eksperymentalnego Polskiego Radia.
Osobnym rozdziałem jego twórczości był teatr. W tej dziedzinie powstało ponad 40 dzieł, niektóre były tłumaczone na 17 języków, wystawiano je w kraju i na świecie. Język teatralny Schaeffera wywodzi się z muzyki, tematyka częstokroć także o muzykę zatrąca. Schaeffer nawiązuje do tzw. teatru instrumentalnego, gatunku stworzonego przez argentyńskiego kompozytora Mauricia Kagla na pograniczu muzyki i teatru. Pojawiają się też często w tych sztukach rozważania na temat kondycji artysty, snute ze zjadliwą ironią.