Gnostyk i heretyk. Tak się przedstawił w najbardziej znanej swojej książce „Labiryntach herezji”. Pisał: „Szczycę się tym, że nim jestem. Jakże bowiem nie być dumnym, jeśli należy się do – niewielkiej, przyznaję – grupy ludzi, która nazwę swą bierze od umiłowania wolności i poznania? »Heretyk« bowiem to człowiek, który żąda dla siebie prawa wyboru, tak jak »gnostyk« jest człowiekiem, który nie negując znaczenia wiary, przede wszystkim pragnie poznania istoty rzeczy”.
Dla wielu osób Jerzy Prokopiuk był przede wszystkim pierwszym w Polsce tłumaczem dzieł i propagatorem myśli Carla Gustava Junga, co zarówno w czasach PRL zwalczającego każdą światopoglądową ekstrawagancję, jak i w wolnej Polsce opanowanej przez niby-liberalny materializm i polityczne wpływy Kościoła katolickiego wymagało wielkiego samozaparcia. Jung nie pasował do żadnej ortodoksji – ani tej hołdującej „czystemu rozumowi”, ani tej podziwiającej „chytrość rozumu”, ani tej religijnej.
Pierwszy artykuł o Jungu opublikował w miesięczniku „Więź” w 1961 r. Ale nawet kiedy 15 lat później ukazało się pierwsze wydanie zbioru pism Junga „Archetypy i symbole” w wyborze, przekładzie i ze wstępem Jerzego Prokopiuka, szwajcarski twórca psychologii analitycznej znany był u nas głównie w kręgach specjalistów (filozofów, psychologów, literaturoznawców) i ewentualnie nielicznych osób spośród zainteresowanych duchową rebelią wywołaną przez kontrkulturę. Jung do dziś uchodzi w Polsce za myśliciela kontrowersyjnego. Wyrzuca mu się akceptację nazizmu w latach 30.