Niemal równie interesujące, co relacja między Aleksandrem a Arystotelesem, podobnie brzemienne w możliwości, były jego związki z ulubionymi kolegami z czasów szkolnych. Okazały się one długotrwale i niezmiernie istotne. Jak już widzieliśmy, zdecydowanie najważniejszą z nich była przyjaźń z Macedończykiem Hefajstionem, dość mdławą postacią, która świeciła odbitym blaskiem Aleksandra. Nie sprzeciwił się on woli Aleksandra (z tego, co wiemy) w żadnej istotnej kwestii. Był jedynie narzędziem w wykonywaniu życzeń króla, takich jak: zorganizowanie procesu (i egzekucji) Filotasa w 330 roku p.n.e., nieudana próba wymuszenia rytuału proskynesis na macedońskim i greckim dworze w 327 roku p.n.e. oraz urządzenie ceremonii przymusowych grupowych zaślubin w Suzie w 324 roku p.n.e. Aleksander traktował Hefajstiona i mówił o nim jako o swoim alter ego. Opierając się na jednym z wizerunków Aleksandra, możemy stwierdzić, że Hefajstion był bądź pionkiem, bądź groźnym stronnikiem.
Niemal pewne jest, że w którymś momencie (we wczesnym okresie dorosłości, a być może również w czasach młodzieńczych) ich miłość znalazła również fizyczny wyraz. Wysiłki, mające na celu wymazanie wszelkich śladów czy też „plam” homoseksualizmu z ich relacji, są po prostu niefortunne. Związki homoseksualne nie były w starożytnej Grecji obciążone żadnym piętnem, a doświadczeń homo- i heteroseksualnych nie uważano za społecznie naganne. Jeśli jednak Hefajstion był naprawdę „utrzymankiem” Aleksandra, jak swobodnie określił go jego biograf Oskar Wilde, nie było to coś, czym Hefajstion mógłby się pochwalić.
O wiele ważniejszą rzeczą niż fizyczny aspekt związku Aleksandra z Hefajstionem, był jego wpływ na Aleksandra. Jeden z ostatnich rzekomych „planów” obejmował budowę wielkiego stosu pogrzebowego dla Hefajstiona w Babilonie – dokładniej, dla Hefajstiona herosa. Na wieść o śmierci przyjaciela, spowodowanej nadmierną ilością spożytego alkoholu, Aleksandrem targnął iście homerycki paroksyzm bólu. Ukoiła go dopiero wiadomość, że Amon zaaprobował pośmiertny kult Hefajstiona jako herosa. Choć Aleksander miał nadzieję, że przyjaciel mógłby być czczony jako bóg, wyraził publiczne zadowolenie z decyzji Amona. Przygnębiająca myślą jest to, że jedynie Hefajstion mógł wypełnić pustkę samotności władzy Aleksandra.
Inne uczniowskie przyjaźnie, zawiązane czy też wzmocnione pod okiem Arystotelesa, były równie trwałe, choć mniej doniosłe. Zdarzenie z 337 roku p.n.e., gdy Aleksander miał lat dziewiętnaście, ukazuje ten dom wyjątkowo wyraźnie. Tego roku Filip pojął za żonę kobietę, która okazała się jego siódmą i ostatnią żoną – tylko jedną z dwóch, które szczyciły się arystokratycznym macedońskim pochodzeniem. To małżeństwo pociągało za sobą oczywiste implikacje dynastyczne, niechętnie widziane przez Aleksandra, a przede wszystkim przez jego matkę. Podczas suto zakrapianej i swobodnej uczty weselnej Aleksander został wciągnięty w zażartą publiczną awanturę z wujem i opiekunem panny młodej. Sprowokowany kłótnią Filip rzucił się w stronę Aleksandra z mieczem, przewrócił się jednak, zanim zdołał go dosięgnąć. Aleksander rozważnie opuścił Macedonię wraz z Olimpias, by pozwolić zarówno sobie, jak i ojcu na oddech i uspokojenie.
Jego dobrowolne udanie się na wygnanie nie zadowoliło jednak rozjuszonego Filipa. Wydalił on również pięciu najbliższych przyjaciół Aleksandra – oprócz, co ciekawe, Hefajstiona. Harpalos, Ptolemeusz, Nearch, Erigyjos i Laomedon pochodzili spoza kręgów starej arystokracji macedońskiej. Ich przyjaźń z Aleksandrem pokazuje, że był on od samego początku „autsajderem” i samotnikiem, chętnym, by stworzyć własny krąg lojalnych zwolenników. Równie warte zauważenia – czego nie pomija Arrian – jest fakt, że całej piątce przypadły dzięki Aleksandrowi wysokie stanowiska.
Aleksander jako bardzo młody chłopiec zyskał jeszcze jednego bliskiego przyjaciela – słynnego czworonoga. Kusi by stwierdzić, że obie miłości jego życia były niemymi bestiami. Kwestię Hefajstiona już rozważaliśmy. Bucefała zaoferował Filipowi handlarz, który zażądał za niego astronomicznej sumy trzynastu srebrnych talentów (odpowiednik kilku fortun), mimo że niezwykle nerwowe stworzenie nie zostało jeszcze nawet okiełznane. Filip już zamierzał odrzucić ofertę, kiedy – jak głosi legenda – Aleksander wziął sprawę w swoje ręce. Odwrócił konia, tak by ten nie widział cienia, i wskoczył mu na grzbiet. Z zawstydzającą bezczelnością zaoferował, że sam zapłaci za konia trzynaście talentów. Od tego dnia byli nierozłączni. Podobno rzymski cesarz Kaligula mianował swego konia konsulem, a król Ryszard III oddał za wierzchowca królestwo. Aleksander posunął się jeszcze dalej. Nie tylko osobiście przewodniczył wspaniałym uroczystościom pogrzebowym, po tym jak ukochany rumak umarł w sędziwym wieku, ale nawet nazwał na jego cześć jedno ze swych miast: Bukefala.
Chłopcy, mężczyźni i konie – a co z kobietami w życiu Aleksandra? Być może nie umieścił on seksu – z osobami płci przeciwnej – zbyt wysoko w skali wartości. „Seks i sen” – powiedział podobno – „uzmysławiają mi moją śmiertelną naturę”. Kto wie, co miał na myśli. Dlaczego odniósł to do relacji heteroseksualnych, możemy jedynie spekulować. Warto przynajmniej rozważyć hipotezę (obrazowo przedstawioną przez powieściopisarkę Mary Renault), że zniechęcił go do nich widok pokrytego włosami i bliznami po ranach bitewnych ciała jednookiego ojca, brutalnie spółkującego z jego matką. Wedle innej koncepcji Aleksander. stosownie dla kogoś, kto wzorował się na greckich bohaterach mitycznej przeszłości, mógł cierpieć na kompleks Edypa. Nie da się tego oczywiście w żaden sposób udowodnić, choć jego skargi na natrętność matki, ochota, z jaką poddaje się symbolicznej „adopcji” przez Adę, królową Karii, oraz przesadzony szacunek, okazywany pojmanej przez niego matce Dariusza III, wskazują na niejednoznaczność uczuć, jakie żywił w stosunku do matki.
Jednocześnie nie ma żadnego dowodu na to, że Aleksander był impotentem czy homoseksualistą. Należy wziąć pod uwagę jego małżeństwa. Pierwsze z nich, z Roksaną, w 327 roku p.n.e., bez wątpienia zaowocowało potomstwem (syn urodził się po śmierci Aleksandra). Był to Aleksander IV. Potem Aleksander Wielki poślubił córki Dariusza i Artakserksesa III podczas uroczystości grupowych zaślubin w 324 roku p.n.e., ale mogło być to związane ściśle z polityką państwową. Nie miał natomiast oficjalnego charakteru, jeśli był prawdziwy, rzekomy romans z Barsine, wdową po jego przeciwniku Memnonie; dziecko, które podobno się z tego związku urodziło (dość niepokojąco nazwane Heraklesem), nie zostało oficjalnie uznane. Podobno miał on także erotyczny związek z matką Dariusza III, o królowej Amazonek nie wspominając.
Pasowałoby lepiej do owych faktów stwierdzenie, że Aleksander wyrzekł się związków heteroseksualnych, pozwalając sobie na nie jedynie z przyczyn politycznych i/lub prokreacyjnych. Doskonały artykuł pióra E.J. Baynhama, opisujący ten aspekt jego osobowości i kariery, nosi zabawny tytuł: Why didn’t Alexander marry a nice Macedonian girl before leaving home? („Dlaczego Aleksander nie ożenił się przed wyjazdem z jakąś miłą Macedonką?”) Autor podaje na to odpowiedź, słuszną jak sądzę, odwołując się do faktycznej polityki na dworze Aleksandra między 336 a 334 rokiem p.n.e. Jak już widzieliśmy, Aleksander rzadko pozwalał sobie na to, by sentymenty wzięły górę nad rozwagą.
O ile seks nie robił wrażenia na Aleksandrze, z pewnością działała na niego religia. Ta strona jego charakteru mogła być w znacznej mierze dziedzictwem po Olimpias. W realiach starożytnej Grecji Aleksander wydawał się niesamowicie pobożny, jeśli nie zabobonny. Być może nie jest to czysty przypadek, że grecki termin desidajmonia (dosłownie: „strach przed demonami czy nadprzyrodzonymi zjawiskami”) został ukuty za czasów Aleksandra. Najlepszy uczeń Arystotelesa, Teofrast, uczynił Człowieka Przesądnego jedną z trzydziestu sprytnych karykatur, ujętych w słynnej i wielokrotnie naśladowanej pracy Charaktery.
Aby odkryć czy przetestować wolę bogów lub innych sił nadprzyrodzonych, Aleksander miał przy sobie bez przerwy własnego wieszcza (mantis) – Aristandra, który pochodził z Telmissos, na niespokojnym obszarze górzystej południowo-zachodniej Anatolii, płodnym, jeśli chodziło o wróżbitów. Żadne większe przedsięwzięcie nie zostało podjęte bez zasięgnięcia rady u Aristandra, a czasem jego interpretacja rzekomego omenu czy zwiastuna czegoś była decydująca i miała bezpośredni wpływ na postępowanie Aleksandra.