W trakcie pracy nad rozprawą doktorską rozpoczęła własny projekt badawczy dotyczący interakcji między rytuksymabem oraz substancjami zmniejszającymi stężenie cholesterolu. Terapia rytuksymabem jest jedną z najskuteczniejszych metod leczenia chłoniaków nieziarniczych, chociaż niektórzy pacjenci nie reagują na leczenie. Doktor Winiarskiej udało się ustalić, że substancje zmniejszające w komórce stężenie cholesterolu znacząco osłabiają przeciwnowotworowe działanie rytuksymabu. Ostatnio zaangażowana jest także w projekt, którego celem jest opracowanie nowatorskiej metody produkcji całkowicie ludzkich przeciwciał monoklonalnych, które mogą znaleźć zastosowanie w terapii i diagnostyce wielu chorób, jak i w badaniach naukowych. Od prawie czterech lat prowadzi własną grupę badawczą, która realizuje kilka projektów badawczych finansowanych przez Ministerstwo Nauki, Fundację na Recz Nauki Polskiej oraz firmy biotechnologiczne.