Najpierw Kongres, jeszcze poprzedni, zdominowany przez demokratów, zablokował 80 mln dol. z budżetu przeznaczonych na zamknięcie Guantanamo. Senatorowie pod presją obywateli (dwie trzecie ankietowanych przez Instytut Gallupa nie chce terrorystów z Guantanamo na amerykańskiej ziemi) żądali gwarancji, że żaden pensjonariusz więzienia, jeśli zostanie uniewinniony, nie osiedli się w Ameryce. Zwłaszcza że prawo habeas corpus daje zatrzymanemu szansę podważenia słuszności aresztu, a ponad połowa wniosków była rozpatrzona na korzyść więźnia. Sojusznicy USA również nie kwapią się do przyjmowania kukułczych jaj. Jak wynika z dokumentów z megaprzecieku Wikileaks, Francja postawiła warunek, że Waszyngton najpierw „musi się zgodzić na osadzenie niektórych spośród mniej groźnych aresztantów na terenie USA” (cytat z depeszy francuskiego dyplomaty ze stycznia 2009 r.).
Kolejny cios ponownie zadał Kongres – w ustawie o budżecie Pentagonu, podpisanej w styczniu przez Obamę, Kongres zabronił prezydentowi wykorzystania funduszy resortu na procesy oskarżonych o terroryzm przed sądami federalnymi w kraju. Rząd musiał wrócić do pomysłu specjalnych komisji wojskowych w Guantanamo.
Więzienie w Guantanamo nazywane jest przez Amnesty International skandalem dla praw człowieka. Organizacje humanitarne oskarżały władze amerykańskie o stosowanie tortur, m.in. o waterboarding, czyli podtapianie, oraz bicie i zamykanie w małych i zimnych pomieszczeniach.