Przedstawiciele organizacji ochrony praw człowieka wielokrotnie krytykowali administrację Busha za panujące tam nieludzkie warunki oraz brutalne metody przesłuchań. Międzynarodowy Czerwony Krzyż nie zawahał się użyć słowa „tortury“. Więźniów z Guantánamo poddawano m.in. waterboardingowi wywołującemu ogromną panikę i strach przed utonięciem.
W kampanii wyborczej w 2008 roku kandydat na urząd prezydenta Barack Obama obiecał zamknąć więzienie w ciągu roku od momentu przejęcia władzy. Mimo to w grudniu 2011 roku podpisał on ustawę, legalizującą bezterminowe przetrzymywanie więźniów nawet w sytuacji, gdy nie można im postawić konkretnych zarzutów. Jak wynika z danych Amnesty International, spośród 779 osadzonych tylko jeden został skazany wyrokiem sądu cywilnego, kilka spraw trafiło do rozstrzygnięcia przez komisje wojskowe. W Guantánamo zmarło ośmiu więźniów. Trzech popełniło najprawdopodobniej samobójstwo.