Utrzymywanie dwóch siedzib jest często krytykowane (bo oznacza nie tylko konieczność ciągłych podróży, ale napędza też ogromne koszty). Posłowie pracują również w komisjach parlamentarnych (zbierają się one raz lub dwa razy w miesiącu w Brukseli).
Podczas przyjmowania aktów prawnych stosowane są dwa rodzaje procedur: zwykła (parlament jest ustawiony na równi z Radą UE) i specjalną (gdzie PE ma rolę konsultacyjną). Np. w kwestii podatków PE ma rolę jedynie opiniodawczą.
Większość unijnego prawa powstaje w oparciu o zwykłą procedurę, w której Parlament Europejski i Rada Unii Europejskiej mają równorzędną rolę w stanowieniu prawa. Dotyczy to wielu dziedzin, takich jak zarządzanie gospodarką, imigracja, energetyka, transport, środowisko naturalne, ochrona konsumentów.
Ta procedura w skrócie wygląda następująco: Komisja przedkłada parlamentowi – z własnej inicjatywy lub na wniosek innych instytucji – wniosek ustawodawczy. Następnie przewodniczący PE przekazuje go do odpowiedniej komisji. Jeśli wniosek pociąga koszty, wówczas trzeba sprawdzić, czy są środki na ich pokrycie.
Nad wnioskiem pracuje sprawozdawca (inne grupy polityczne mogą wyznaczyć kontrsprawozdawcę, który przygotuje stanowisko grupy i będzie przyglądał się pracy sprawozdawcy). Rola sprawozdawcy jest dość istotna – to on prowadzi wniosek przez etapy procedury, doradza komisji i całemu parlamentowi w kwestii ogólnego podejścia. Ten sam wniosek jest kierowany też do Rady UE i ona, zwykle na bieżąco, informuje komisję parlamentarną o przebiegu prac. W trakcie pracy w komisji wszyscy posłowie mogą zgłaszać poprawki.
Zanim jednak komisja parlamentarna zagłosuje nad wnioskiem, prosi Komisję o stanowisko do poprawek i Radę o komentarz.