Utrzymywanie dwóch siedzib jest często krytykowane (bo oznacza nie tylko konieczność ciągłych podróży, ale napędza też ogromne koszty). Posłowie pracują również w komisjach parlamentarnych (zbierają się one raz lub dwa razy w miesiącu w Brukseli).
Podczas przyjmowania aktów prawnych stosowane są dwa rodzaje procedur: zwykła (parlament jest ustawiony na równi z Radą UE) i specjalną (gdzie PE ma rolę konsultacyjną). Np. w kwestii podatków PE ma rolę jedynie opiniodawczą.
Większość unijnego prawa powstaje w oparciu o zwykłą procedurę, w której Parlament Europejski i Rada Unii Europejskiej mają równorzędną rolę w stanowieniu prawa. Dotyczy to wielu dziedzin, takich jak zarządzanie gospodarką, imigracja, energetyka, transport, środowisko naturalne, ochrona konsumentów.
Ta procedura w skrócie wygląda następująco: Komisja przedkłada parlamentowi – z własnej inicjatywy lub na wniosek innych instytucji – wniosek ustawodawczy. Następnie przewodniczący PE przekazuje go do odpowiedniej komisji. Jeśli wniosek pociąga koszty, wówczas trzeba sprawdzić, czy są środki na ich pokrycie.
Nad wnioskiem pracuje sprawozdawca (inne grupy polityczne mogą wyznaczyć kontrsprawozdawcę, który przygotuje stanowisko grupy i będzie przyglądał się pracy sprawozdawcy). Rola sprawozdawcy jest dość istotna – to on prowadzi wniosek przez etapy procedury, doradza komisji i całemu parlamentowi w kwestii ogólnego podejścia. Ten sam wniosek jest kierowany też do Rady UE i ona, zwykle na bieżąco, informuje komisję parlamentarną o przebiegu prac. W trakcie pracy w komisji wszyscy posłowie mogą zgłaszać poprawki.
Zanim jednak komisja parlamentarna zagłosuje nad wnioskiem, prosi Komisję o stanowisko do poprawek i Radę o komentarz. Kiedy komisja przyjmie swoje sprawozdanie, trafia ono na posiedzenie plenarne. W trakcie debaty przed głosowaniem w posiedzeniu bierze udział odpowiedni komisarz, który wyjaśnia stanowisko KE wobec każdej z poprawek. Później odbywa się głosowanie poprawek, a następnie wniosku w wersji zmienionej lub niezmienionej, potem poprawkami do projektu rezolucji, a na końcu nad całym projektem. Rezolucja ustawodawcza zawiera jedynie stwierdzenie, czy parlament przyjmuje wniosek, odrzuca go, czy wprowadza do niego zmiany.
Wszystkie głosowania przeprowadzane są zwykłą większością głosów. Jeśli rezolucja nie zostanie przyjęta, wraca do komisji parlamentarnej. Prace trwają nadal i oparte są o szereg konsultacji i głosowań, także z próbą osiągnięcia kompromisu z KE. Tekst wniosku w brzmieniu przyjętym przez parlament wraz z towarzyszącą mu rezolucją przekazywany jest Radzie i Komisji Europejskiej. Po zakończeniu pierwszego czytania Komisja Europejska może przyjąć zmieniony wniosek zawierający poprawki Parlamentu. Prawo nie przewiduje żadnych terminów dla pierwszego czytania w parlamencie. Zwykła procedura może być zakończona w pierwszym czytaniu i w ostatnich latach coraz więcej porozumień tak właśnie osiągano.
Oprócz zwykłej procedury ustawodawczej w PE stosowane są też inne. Np. procedurę konsultacji – parlament wydaje jedynie opinię w sprawie aktu przed przyjęciem go przez Radę UE. Opinia ta nie musi być pozytywna, ale Rada nie może bez niej podjąć decyzji. Tę procedurę stosuje się w niewielu przypadkach, np. przy odstępstwie od zasad rynku wewnętrznego i prawie konkurencji, ale też gdy przyjmowane są umowy międzynarodowe w ramach wspólnej polityki zagranicznej i bezpieczeństwa.
Procedura zgody – to kolejna z procedur. Daje ona parlamentowi prawo weta i oznacza, że Rada nie może podjąć decyzji bez jego zgody. Ta procedura stosowana jest wówczas, gdy Rada przyjmuje niektóre umowy międzynarodowe, także gdy decyduje się o przystąpieniu do UE nowych państw czy przy postępowaniu dotyczącym wystąpienia z Unii oraz gdy przyjmowane jest prawo antydyskryminacyjne.
Oprócz wymienionych procedur stosowane są też inne, niektóre specjalnie dedykowane do określonych spraw (np. dotyczące unii walutowej czy dialogu społecznego).
Wbrew skojarzeniom i częstym pomyłkom Parlament Europejski nie ma inicjatywy ustawodawczej. Może jednak wystąpić do Komisji Europejskiej z tzw. wnioskiem ustawodawczym.