Juncker był pierwszym przewodniczącym Komisji Europejskiej, który został wybrany nie za zamkniętymi drzwiami przez unijnych przywódców, ale dzięki głosom obywateli, którzy w majowych wyborach europejskich do Parlamentu Europejskiego poparli Europejską Partię Ludową. Choć otrzymał silny mandat, to skład jego Komisji był zależny od nominacji stolic. A nie wszyscy kandydaci spodobali się europosłom.
Najwięcej kontrowersji spowodowali Hiszpan Miguel Arias Cañeta oraz Słowenka Alenka Bratušek. Odrzucenie kandydatury tej ostatniej przyniosło obawy, że nowa Komisja Europejska nie zostanie uformowana na czas. Ale dzięki drobnym zmianom w składzie Komisji Junckerowi udało się przekonać europosłów do zatwierdzenia nowego unijnego rządu i zespół Junckera obejmie władzę w Unii na czas.
Przesłuchania kandydatów na komisarzy, pomijając polityczne rozgrywki, niestety potwierdziły, że nowa Komisja jest nierówna. Rozczarował na przykład Günther Oettinger. Niemiec ma być odpowiedzialny za cyfryzację Europy, a w swoim wystąpieniu przedstawił wizję rozwoju rynku IT godną poprzedniej dekady. Na tym tle dobrze wypadła Elżbieta Bieńkowska. Podczas przesłuchania zabrakło jej politycznego instynktu, ale w przeciwieństwie do wielu kandydatów wykazała się znajomością obszaru, którym ma się zajmować. Nie wypadła tak dobrze jak Holender Frans Timmermans, który zachwycił znajomością pięciu języków, ale jej kandydatura nie wzbudziła żadnych kontrowersji.
Nowa Komisja Europejska musi przede wszystkim odbudować zaufanie Europejczyków do Unii. W Wielkiej Brytanii i Francji w siłę rosną eurosceptyczne partie, w Parlamencie jest najwięcej przeciwników integracji w historii, choć ich wpływy są ograniczone. Dlatego Juncker zapowiedział, że Komisja ograniczy się tylko do niezbędnych reform: w tych obszarach, gdzie działania Unii mogą przynieść realną zmianę.