Pomysł wysunął Hans Pöttering, który w swoim inauguracyjnym przemówieniu, gdy w lutym 2007 r. obejmował stanowisko przewodniczącego Parlamentu Europejskiego, zapowiedział, że ma to być miejsce „kształtowania się europejskiej tożsamości”. Był to ostatni moment europejskiego optymizmu, jeszcze przed kryzysem finansowym i ofensywą populizmów, przed kryzysem uchodźczym i wojną na Ukrainie.
Pierwszym krokiem było powołanie dziewięcioosobowego zespołu historyków i muzealników, którzy przygotowali zarys koncepcji przyszłej wystawy. W ponad stu punktach nakreślili to, co według nich współtworzy najważniejsze elementy europejskiego dziedzictwa, od starożytności do dnia dzisiejszego. Nacisk położono na doświadczenie XX w., najważniejsze z punktu widzenia współczesnego oblicza kontynentu. Zwracała uwagę równowaga między wątkami dotyczącymi Zachodu i Europy Środkowo-Wschodniej, co wówczas jeszcze nie było powszechne w myśleniu unijnych kręgów.
Było to możliwe dzięki obecności w „grupie inicjatywnej” dwóch ekspertów z naszej części Europy: prof. Włodzimierza Borodzieja oraz Marii Schmidt, dyrektor budapeszteńskiego Domu Terroru, notabene głównego instrumentu polityki historycznej Viktora Orbána. Ten pierwszy został potem przewodniczącym Rady Naukowej powstającej instytucji (zasiadał w niej także Norman Davies), a prof. Wojciech Roszkowski, były eurodeputowany PiS, wszedł w skład Rady Powierniczej. Była to więc reprezentacja różnych nurtów myślenia i części kontynentu.
Po opublikowaniu założeń programowych rozpoczęła się pierwsza fala ataków na Dom Historii Europejskiej jako przejaw inżynierii kulturowej europejskich elit. Przodowali w tym z jednej strony brytyjscy eurosceptycy, których tubą były tabloidy piszące o zupełnie niepotrzebnym projekcie, pokazie „próżności” eurobiurokratów, gigantycznym marnotrawstwie finansowym, obciążającym także kieszenie podatników ze Zjednoczonego Królestwa.