Problem współistnienia wyznań stanął przed Polską już w XIV–XV w. W przeciwieństwie bowiem do państw zachodniej Europy, którym dopiero reformacja przyniosła rozbicie wyznaniowe, kraj nasz już wcześniej oprócz katolików zamieszkiwali wyznawcy innych odłamów chrześcijaństwa (prawosławni) czy nawet religii (muzułmanie). Zakon krzyżacki, który zajął część północnych ziem państwa polskiego, stanowił śmiertelne zagrożenie dla jego bytu. W walce z Krzyżakami Polska korzystała z pomocy pogańskiej do pewnego czasu Litwy oraz z posiłków tatarskich. Nic więc dziwnego, że właśnie w okresie najgorętszych zmagań z zakonem, mianowicie na przełomie XIV i XV stulecia, wielu zwolenników znajduje tak zwana polska doktryna stosunku do innowierców. Potępia ona przymusowe szerzenie wiary, twierdząc, iż poganie są naszymi bliźnimi, wobec których obowiązują zasady zawarte w ewangelii.
Rzym sobie, my sobie
Zarówno ta doktryna, jak i pokojowe współżycie na terenie tego samego państwa różnych wyznań musiały wpłynąć na późniejszy rozwój swobód religijnych protestantów. W XVI w. bowiem zwolennicy reformacji powoływali się na sięgające głęboko wstecz tradycje, twierdząc, iż skoro ongiś tolerowano obok katolików także prawosławnych czy wyznawców islamu, to obecnie w podobny sposób należy traktować luteranów, kalwinistów lub antytrynitarzy, nazywających siebie braćmi polskimi. Sekundowała temu polityka zagraniczna Zygmunta I Starego (1506–1548), niewiele w praktyce licząca się z misyjnymi celami Rzymu. Polski monarcha, mimo gorących protestów papiestwa, jako pierwszy z władców Europy uznał za swego lennika luterańskiego księcia Albrechta Hohenzollerna (hołd pruski z 1525 r.). Zamiast krucjaty antytureckiej, do której Kościół wielokrotnie nawoływał, zawarto z Wysoką Portą dożywotni pokój (1535 r.