Zapowiedź potępienia poprzedziła decyzja o udostępnieniu badaczom archiwum św. Oficjum, które przedtem było dla nich szczelnie zamknięte. W związku z tym już w 1909 r. Ludwig Pastor, skądinąd zdecydowanie przychylny papiestwu i Kościołowi, pisał, iż trzymanie archiwum pod kluczem wyrządza Rzymowi olbrzymią szkodę. Większość ludzi bowiem będzie nadal "traktować jako prawdziwe wszystkie, nawet najgorsze, oskarżenia wysuwane przeciwko inkwizycji rzymskiej". Dzieje jej archiwów obfitują zresztą w niemal równie barwne epizody, co i sama historia tej inkwizycji.
zobacz także: Ważniejsze daty z dziejów inkwizycji
W 1810 r. wszystkie archiwa watykańskie zostały na rozkaz Napoleona przewiezione do Paryża. Po upadku cesarza tylko ich część powróciła do Rzymu, ponieważ władzom kościelnym zabrakło pieniędzy - i wyobraźni - na opłacenie kosztów transportu. Wiele materiałów, w tym ponad 4 tysiące tomów zawierających akta procesów inkwizycyjnych, uznano za zbędne. Zostały one sprzedane na makulaturę, m.in. sklepikarzom jako papier pakunkowy. Grupa bankierów paryskich, która się o tym dowiedziała, pospiesznie nabyła ocalałe resztki, aby zaproponować Rzymowi ich odkupienie po wygórowanej cenie. Alternatywą było przekazanie dokumentów niechętnej Kościołowi prasie francuskiej. Papież ugiął się przed szantażem; jak widać zbytnia oszczędność nie zawsze wychodzi na dobre.
Inkwizycja należy zresztą do tych instytucji, których dzieje doczekały się literatury o wiele bogatszej od zachowanych zasobów źródłowych. O ile w XVI stuleciu ukazało się na jej temat tylko nieco ponad sto książek, to w XIX wieku już 710, a w naszym stuleciu blisko tysiąc pozycji. Większość tych prac była nacechowana polemicznym zaangażowaniem: dzieje inkwizycji włoskiej służyły do ataków na papiestwo, historia jej hiszpańskiego odpowiednika stanowiła integralną część tak zwanej "czarnej legendy" (la leyenda negra), jaką od XVI wieku poczynając zostały otoczone dzieje tego kraju.