Metropolita krakowski kardynał Stanisław Dziwisz upomniał na piśmie ks. Tadeusza Isakowicz-Zaleskiego, że jego akcja lustracyjna jest sprzeczna z prawem kościelnym. Kardynał przywołał kanon 220 tego prawa: „Nikomu nie wolno bezprawnie naruszać dobrego imienia, które ktoś posiada, ani też naruszać prawa każdej osoby do ochrony własnej intymności”. Hierarcha zaznaczył przy tym, że nie boi się prawdy o Kościele, nawet bolesnej. Decyzja Dziwisza oznacza, że władza kościelna odrzuciła lustracyjną metodę ks. Zaleskiego.
Tak oto nieco wydumany podział Kościoła w Polsce na toruński i łagiewnicki ustępuje miejsca bardziej realnemu podziałowi na Kościół ks. Zaleskiego i Kościół kard. Dziwisza. Linią podziału jest stosunek do kwestii lustracji, która dzieli dziś Kościół silniej i wyraźniej niż kwestia Radia Maryja.
Jest to groźny sygnał postępującego upolitycznienia polskiego katolicyzmu. Frakcyjne spory polityczno-partyjne rozdzierają wspólnotę Kościoła. Katolicy w Europie Zachodniej spierają się o reformy soborowe, celibat księży, kapłaństwo kobiet, dopuszczalność antykoncepcji, wewnętrzną demokratyzację Kościoła, wojnę w Iraku, społeczne skutki globalizacji. A próby tuszowania przez władze kościelne skandali obyczajowych z udziałem księży uruchomiły oddolne ruchy protestu w Austrii, Irlandii czy USA. W Polsce w centrum uwagi stanęła sprawa lustracji. Hierarchia trafia na cenzurowane pod ciężkim zarzutem ochrony grupowych interesów z krzywdą dla prawdy i sprawiedliwości. Biskupi mają poważny problem. Z jednej strony muszą dbać o jedność i sterowność Kościoła, z drugiej – nie mogą ignorować tego bezprecedensowego odwracania się niektórych opiniotwórczych a życzliwych mu środowisk od władz kościelnych.