Kiedy w pierwszych godzinach swego urzędowania minister edukacji Ryszard Legutko wyraził wątpliwość, czy stopień z religii powinien być wliczany do średniej ocen, spotkał się z natychmiastową kontrą katolickich hierarchów. Zarzucili mu oni próbę łamania ustaleń podjętych na forum Komisji Wspólnej. Rychło i sam rząd odciął się od świeżo mianowanego ministra. Wreszcie pokajał się sam prof. Legutko: przyznał, że nie wiedział, iż rozporządzenie o średniej jest efektem negocjacji w Komisji i aby je zmienić, konieczne są ponowne konsultacje z Kościołem.
Niemal równocześnie w samej już Warszawie głośne stało się przekazanie zakonom Jana Bożego i dominikanek 10 ha użytkowanych dotąd przez miasto gruntów. Ich wartość już trzy lata temu szacowano na prawie 40 mln zł. Mają być rekompensatą za inne nieruchomości, które zakony te utraciły w efekcie wywłaszczenia w czasach PRL. Decyzja zapadła za plecami samorządu i znowu uzasadniono ją ustaleniami Komisji.
Swoje robi też otaczająca prace Komisji aura tajemniczości. Obie strony dbają, by jej spotkania odbywały się w poufnych warunkach. O przebiegu rozmów wiadomo praktycznie tylko tyle, ile uczestnicy zechcą ujawnić w lakonicznych komunikatach.
– Niepowtarzalna pozycja Komisji Wspólnej jest efektem polskiej historii – wyjaśnia dr Jarosław Szymanek, konstytucjonalista i specjalista od prawa wyznaniowego z Instytutu Nauk Politycznych Uniwersytetu Warszawskiego. Choć bowiem tuż po II wojnie zdominowany przez komunistów rząd zerwał konkordat z Watykanem, to nowa władza starała się znaleźć inną formę kontaktów z Kościołem katolickim. Dla przygotowania tekstu umowy określającej wzajemne stosunki w 1949 r. obie strony powołały tzw. komisję mieszaną. Doprowadziła ona do podpisania w kwietniu 1950 r.