Czas oczekiwania na dokumenty z archiwum IPN może się znacznie wydłużyć, ale wnioskujący nie ma prawa do informacji, dlaczego tak się dzieje. Powód jest jeden – wiele akt wypożycza się służbom specjalnym, co przyznaje sam prezes Instytutu Janusz Kurtyka: – Gdy służby specjalne wypożyczają jakieś dokumenty, co zdarza się dosyć często, to IPN nie może poinformować o tym fakcie osoby zwracającej się o te same akta w celach naukowych czy publicystycznych, bowiem w ten sposób dekonspirowałby te służby.
Uprawnieni do wglądu w akta i wykorzystania ich w ramach zadań ustawowych są funkcjonariusze i żołnierze ABW, Agencji Wywiadu, Służby Kontrwywiadu i Wywiadu Wojskowego oraz CBA. Najwyraźniej służby chcą się zorientować, do czego już niedługo po małej nowelizacji tzw. ustawy lustracyjnej będą mieli dostęp dziennikarze i naukowcy. Niewykluczone, że służy to ewentualnej ochronie pewnych osób, bowiem Janusz Kurtyka jako prezes Instytutu Pamięci Narodowej na wniosek szefów ABW, Agencji Wywiadu lub ministra obrony narodowej ma obowiązek zamknąć dostęp do określonych dokumentów, czyli umieścić je w zbiorze zastrzeżonym. Dostęp do niego mają tylko upełnomocnione przez nich osoby i tylko oni mogą uchylić lub skrócić czas zastrzeżenia. Znajdują się tam m.in. akta czynnych agentów, przejętych po 1989 r. od tajnych służb PRL, w tym cudzoziemców, ale także każdy inny dokument, o którym zdecydują szefowie służb.