Bakterie stanowią większość żywej materii naszej planety, a ich całkowita masa przekracza wielokrotnie masę wszystkich zwierząt wodnych i lądowych. Wykrywano je zarówno w górnych warstwach stratosfery, jak i 2–3 km pod powierzchnią ziemi. Bakterie przeżyły nawet podróż na Księżyc – ponad 2,5 roku spędziły w stanie uśpienia w kamerze jednej z sond kosmicznych, a następnie odżyły w cieple ziemskiego laboratorium.
Na początku lat osiemdziesiątych XX w. japoński profesor ogrodnictwa Teuro Higa z uniwersytetu w Ryukyus na Okinawie zakończył prace nad preparatem, który miał rozwiązać problemy współczesnego rolnictwa. Uczony podzielił świat mikroorganizmów na trzy grupy, z których dwie, choć stanowiące liczebną mniejszość (5–10 proc.), konkurują o władzę nad procesami mikrobiologicznymi zachodzącymi w ekosystemie. Jedne (regeneratywne) sprzyjają rozwojowi życia, czego przejawem jest świeży zapach gleby, kiszonych ogórków czy kapusty, natomiast drugie (degeneratywne) związane są z patogennością środowiska i rozpadem gnilnym, w wyniku którego powstają związki o uciążliwym zapachu. Do trzeciej grupy należą mikroorganizmy fakultatywne, dostosowujące się do panujących w danym środowisku przemian biochemicznych. Dokonawszy uważnych obserwacji regeneracji gleby, prof. Higa wyodrębnił 81 rodzajów mikroorganizmów nadających się do spożycia przez ludzi (spośród ok. 2 tys. rodzajów uznanych za pożyteczne). Te wyselekcjonowane gatunki bakterii kwasu mlekowego i bakterii fotosyntetyzujących, drożdży, promieniowców oraz grzybów fermentujących nazwał mikroorganizmami efektywnymi (EM).
Efektywne mikroorganizmy miały zastąpić chemiczne środki ochrony roślin i nawozy sztuczne. Ich dobroczynne działanie zostało jednak później wykorzystane także w technologiach oczyszczania ścieków, w urządzeniach sanitarnych, do eliminacji odrażających zapachów i owadów-szkodników.