Wiedza z Europy. Kiedy w połowie XVI w. w Japonii pojawili się pierwsi Europejczycy, okazało się, że dysponują wiedzą w niektórych dziedzinach (medycyna, astronomia, optyka, kartografia i mechanika) wykraczającą ponad to, co znano dotychczas. Dla przybyszy z Zachodu nauczanie i pomoc chorym były jedną z metod szerzenia chrześcijaństwa, więc uczestników misji zaznajamiano z podstawową wiedzą lekarską. Tradycyjne chińskie metody były niezwykle kosztowne, co dodatkowo przyciągało biedotę do pracujących na misjach lekarzy. Wraz z rozpoczęciem prześladowania chrześcijan swoboda działania Europejczyków zaczęła być ograniczana. Ważną rolę w przekazywaniu wiedzy medycznej odegrał wówczas Cristóvão Ferreira, jezuicki misjonarz, który załamał się na torturach i wyparł się wiary. Dodatkowym utrudnieniem w szerzeniu wiedzy był edykt z 1630 r., zakazujący posiadania książek propagujących chrześcijaństwo. Przychylnie patrzono natomiast na import urządzeń takich jak zegary czy globusy, które chętnie przyjmowano jako podarki na dworze sioguna.
Po 1639 r. utrzymywano kontakty już jedynie z Holendrami. W holenderskiej placówce handlowej zawsze zatrudniano przynajmniej jednego medyka. Lekarze ci oficjalnie nie mieli prawa zajmować się leczeniem miejscowych i nauczaniem, ale często naginano przepisy, jak np. w przypadku Kaspra Schamburgera czy Daniela Busha. Uczniem tego ostatniego był Arashiyama Hoan z hanu Hirado, który opublikował rozprawę będącą potem podstawowym podręcznikiem do nauki medycyny zachodniej. Przedstawił tam praktykowaną przez siebie kurację za pomocą okładów, ale pominął szczegóły poważniejszych operacji, zasłaniając się tajemnicą zawodową. Popularny był też traktat o chirurgii Narabayashiego Chinzana, opisujący m.in. przyczyny powstawania chorób, metody opatrywania ran oraz wykonywania operacji.