Protektorat. Niemiecka okupacja na terenie Czech i Moraw miała inny charakter niż ta, którą znają Polacy. Bardziej przypominała sytuację w Holandii, Danii lub Norwegii. Protektorat traktowany był przez Niemców jako integralna część III Rzeszy. Posiadał relatywnie sporą autonomię z prezydentem i rządem. Administracja była w zasadzie sprawowana przez Czechów, łącznie z policją, żandarmerią, a nawet pomocniczym tzw. wojskiem rządowym (wykorzystywanym w drugiej połowie wojny do pilnowania linii kolejowych we Włoszech Północnych) i paramilitarną służbą ochrony przeciwlotniczej. Czeska gospodarka wykonywała zadania wyznaczone przez niemieckich planistów. Stopniowo podczas wojny punkt ciężkości niemieckiego przemysłu zbrojeniowego coraz bardziej przenosił się do Protektoratu.
W 1941 r. przyjechał do Pragi jako przedstawiciel Hitlera i de facto zarządca Protektoratu Reinhard Heydrich (1904–42), który zastosował piekielnie skuteczną taktykę kija i marchewki: z jednej strony zarządził duże aresztowania wśród inteligencji i aktywistów politycznych (jak głosiła propaganda: Niemcy będą surowo karać tych, którzy ulegają wpływom rozrabiaczy spod znaku Benesza z Londynu), z drugiej rozbudowywał politykę socjalną adresowaną do robotników (darmowa zupa w zakładach pracy, zgoda na działalność związków zawodowych, wczasy zakładowe, występy artystów rozrywki itp.). Do dzisiaj toczy się w Czechach dyskusja nad skutecznością tej polityki.
Heydrich zginął w zamachu zorganizowanym przez czechosłowacki wywiad emigracyjny z Londynu. (Czeska konspiracja w zasadzie nie miała charakteru ruchu oporu, ale koncentrowała się na działalności wywiadowczej bądź przygotowaniach do przejęcia władzy po przegranej przez Niemcy wojnie). Niemiecką odpowiedzią było wprowadzenie stanu wyjątkowego i fala represji, która kosztowała życie ok.