Bracia Muzułmańscy i członkowie partii BAAS różnili się pod względem społecznym i religijnym. Obydwa ugrupowania walczyły ze sobą politycznie i zbrojnie na długo przed tym, jak baasiści przejęli władzę w Syrii w 1963 r. Nawet przyszły dyktator Hafez Asad, ojciec dzisiejszego prezydenta, ucierpiał w wyniku ulicznych potyczek zwaśnionych organizacji, gdy w 1948 r. został raniony nożem w plecy przez członka Bractwa.
Zwolennicy partii BAAS byli zwolennikami arabskiej wersji socjalizmu, jak ją wówczas nazywano. BAAS było to ugrupowanie świeckie, które – u zarania – reprezentowało najuboższe warstwy społeczeństwa, opowiadało się za upaństwowieniem ważnych dziedzin gospodarki; składało się w większości z religijnej sekty alawitów, stanowiącej liczebną mniejszość w państwie syryjskim. Kierownictwo BAAS nawiązało bliską współpracę ze Związkiem Sowieckim, stając się (po podpisaniu traktatu izraelsko-egipskiego w Camp David w 1978 r.) najważniejszym sojusznikiem Moskwy na Bliskim Wschodzie.
Do Bractwa Muzułmańskiego należeli z kolei konserwatywni i religijni sunnici, uznający alawitów za odstępców. Ich zdaniem sekularyzacyjne działania baasistów były destrukcyjne wobec tradycyjnego sunnickiego społeczeństwa. W skład tego ruchu wchodzili handlarze, drobni przedsiębiorcy, uczeni skupieni wokół meczetów – przeciwnicy ingerencji państwa w gospodarkę. Do czasu zamachu stanu zorganizowanego przez partię BAAS Bractwo swobodnie działało jako legalna opozycja, zdobyło 10 mandatów w wyborach parlamentarnych w 1961 r.
Przejęcie władzy przez BAAS spowodowało delegalizację Bractwa i represje wobec jego członków. W połowie lat 60. organizacja ta stała się praktycznie jedyną znaczącą, lecz nielegalnie działającą reprezentacją sunnickiej większości.