Jan Jakub urodził się 28 czerwca 1712 r. w rodzinie genewskiego zegarmistrza. Matka zmarła w połogu; starszy brat, oddany przez krewkiego ojca do zakładu poprawczego, zniknął szybko z życia rodziny. Kiedy przyszły filozof miał 10 lat, ojciec wyprowadził się z Genewy, uciekając przed konsekwencjami wywołanej przez siebie awantury. Chłopcem zajęli się krewni ze strony matki, a tych szybko rozczarował: oddany na praktykę do kancelisty okazał się krnąbrny i leniwy, umieszczony jako uczeń w zakładzie grawera sprawował się jeszcze gorzej. Kiedy pewnego wieczoru, wracając z wycieczki, zastał bramy miasta już zamknięte na noc, postanowił ruszyć w świat. Miał niespełna 16 lat.
Pierwszy etap wędrówki wiódł pod dach katolickiego księdza, który zaoferował młodzieńcowi posiłek, nocleg i list polecający do znajomej, pani de Warens, mieszkającej tuż za granicą sabaudzką. Ta okazała się uroczą młodą kobietą, która bez większego trudu namówiła chłopaka do wyjazdu do Turynu, gdzie w specjalnym zakładzie przygotowywano chętnych do przyjęcia wiary rzymskokatolickiej. Jan Jakub dokonał tam konwersji z kalwinizmu, po czym zaczął samodzielne życie. Przez półtora roku służył jako lokaj, w najlepszym wypadku sekretarz w szlacheckich domach. Chlebodawcy nie byli zeń zadowoleni. Z wzajemnością. Korzystając z pierwszej okazji, wrócił do domu pani de Warens.
Był w niej zakochany pierwszą miłością wrażliwego szesnastolatka; nie chciał wiedzieć nic o jej mężu, porzuconym wraz z poczynionymi przez nią długami i protestancką religią, o jej aktualnych amantach i dziwnych źródłach utrzymania (brała pieniądze od króla Sardynii za przekonywanie „heretyków” do przyjęcia katolicyzmu, a od króla Francji za przekazywanie tajnych informacji).