Początkowo ciężar operacji przeciwko podziemiu spoczywał na oddziałach Armii Czerwonej i NKWD. Od lata 1945 r. zadania te przejmowały polskie jednostki Korpusu Bezpieczeństwa Wewnętrznego, funkcjonariusze Urzędu Bezpieczeństwa i milicji, a także wojsko. Powielało doświadczenia wyniesione z frontu – do walki, obok dużych jednostek piechoty, włączano czołgi i artylerię, nierzadko stosowano nawały ogniowe na tereny, na których spodziewano się oddziałów podziemia. Skuteczność takich operacji nie była wysoka. Na przełomie 1945 i 1946 r. kraj nadal był zrewoltowany, administracja w niektórych rejonach znajdowała się poza kontrolą władzy komunistycznej. Dodatkowo w południowo-wschodniej Polsce walczyli partyzanci Ukraińskiej Powstańczej Armii.
Na początku 1946 r. w Sztabie Generalnym WP siły polskiego i ukraińskiego podziemia określano na 15 tys. partyzantów. Działały bandy rabunkowe, jednak za najtrudniejszego przeciwnika uważano „bandy (w ówczesnej nomenklaturze było to typowe określenie – przyp. aut.) o charakterze polityczno-reakcyjnym spod znaku NSZ i AK”. Przestrzegano, że jeżeli metody walki się nie zmienią, to wiosną akcje partyzanckie mogą przybrać na sile. W związku z tym za najważniejsze uważano stworzenie „jednolitego planu państwowego, który skupiłby wszystkie środki dla usunięcia tego niebezpieczeństwa narodowego” oraz stworzenie „energicznego kierownictwa ogólnego i dowództw terytorialnych, obdarzonych pełnią władzy dla koordynacji i jednolitego działania wszystkich sił i środków”.
Dokumentów o podobnym charakterze powstało kilka. Pisano w nich, że główną rolę w tych działaniach powinno odgrywać wojsko, ponieważ zapewnienie „spokoju” przekroczyło możliwości KBW, służb bezpieczeństwa czy milicji: „nie mogą [one] swoim aparatem objąć tak dużej akcji w sposób autorytatywny i skuteczny”, natomiast wojsko „nie może ograniczać się tylko do dawania środków (…) bez brania udziału w kierownictwie, ponieważ (…) dotychczasowe niepowodzenia akcji odbijają się na autorytecie wojska, które bierze w niej udział”.