Imperator Wszechrusi i król Polski Aleksander I wydał 19 listopada 1816 r. „Najwyższy dyplom” tworzący Uniwersytet Królewsko-Warszawski: „Lubo znaleźliśmy w Królestwie Polskim rozszerzone światło nauk przez zaprowadzane w niem rozmaite szkoły i instytuta naukowe; jednak w troskliwości statecznej o dobro poddanych naszych, chcąc do najwyższego naukowego stopnia doprowadzić oświecenie narodowe, przedsięwzięliśmy ustanowić Szkołę Główną, w której młodzież nabywając wiadomości w szczególnych umiejętnościach, stosownie do swych zdolności i przyszłego poważania, usposabiałaby się na pożytecznych krajowi sług i obywateli”.
Grunt był już przygotowany: według historyka Bogusława Leśnodorskiego pomysł, „by stolica polskiego oświecenia otrzymała godny jej uniwersytet, pojawił się po raz pierwszy już w początkach panowania Augusta II”, czyli na przełomie XVII i XVIII w. Poświadcza to „Projekt do ufundowania Universitatis Generalis” ułożony w 1772 r., przechowywany dotąd w Lwowskiej Narodowej Naukowej Bibliotece Ukrainy im. Stefanyka: 24 artykuły przewidywały powołanie aż 14 „akademii specjalnych”. Zabrakło funduszy i profesorów, więc również kolejny pomysł stworzenia Universitatis Poniatovianae, podany przez biskupa Andrzeja Stanisława Załuskiego, umarł śmiercią naturalną. Zrealizowano jedynie zamysł uformowania Szkoły Rycerskiej, z której wywiodły się postaci błyszczące w dziejach polskich: Tadeusz Kościuszko, Julian Ursyn Niemcewicz, gen. Józef Sowiński, gen. Karol Kniaziewicz, gen. Michał Sokolnicki i inni.
Jednakże Szkoła Rycerska zakończyła swą działalność w 1794 r. Po rozbiorach, podczas upadku Warszawy w czasach pruskich, Pałac Kazimierzowski i tzw. Koszary Kadeckie obsiadły władze sądowe, szynki, jatki rzeźnicze, sklepiki, a na zewnątrz garkuchnie. W ogrodzie zezwolono wypasać bydło, co w sumie przynosiło władzom dochód 5 tys. rubli w srebrze. Dawna uczelnia rycerska zmieniła się w bazar i pastwisko. Na dodatek uniwersytety w Krakowie, Wilnie, Lwowie po rozbiorach znalazły się w granicach Rosji i Austrii. W listopadzie 1800 r. utworzono w Warszawie Towarzystwo Przyjaciół Nauk skupiające najtęższe głowy – m.in. Stanisława Staszica, Juliana U. Niemcewicza, Stanisława Kostkę Potockiego czy Samuela Lindego. Towarzystwo nie mogło jednak zastąpić akademii kształcącej studentów.
A potrzeby odrodzonego państwa, nawet w tak zminiaturyzowanej formie jak Księstwo Warszawskie, były ogromne. Kontynent europejski orały wojny napoleońskie, wprowadzane nowe prawa podważały dawny system feudalny. Kraj potrzebował prawników, którzy przełożyliby na praktykę codzienną nowy porządek wyrażony w konstytucji Księstwa Warszawskiego z 22 lipca 1807 r. w art. 4: „Znosi się niewola. Wszyscy obywatele są równi przed obliczem prawa”. Kraj potrzebował też lekarzy w związku z prowadzonymi kampaniami i spodziewaną „drugą wojną polską” armii Napoleona z Rosją. W 1808 r. powstały więc Szkoły Prawa i Lekarska; pierwsza prawdopodobnie z inicjatywy Franciszka Ksawerego Szaniawskiego, tłumacza Kodeksu Napoleona.
Prezes Rady Wydziału Lekarskiego Stanisław Staszic chciał jednak znacznie rozszerzyć pole nauk dla studentów. W „Planie edukacji publicznej” przewidywał utworzenie Szkoły Głównej w Warszawie z wydziałami prawa, administracji, filozofii, medycyny, nauk i literatury. W skład tej ostatniej miały wchodzić „sztuki nadobne”, zwane potem pięknymi. I znów zamiarom stanęła na przeszkodzie klęska Napoleona. Pałac Kazimierzowski zamieniono w lazaret, a na pierwszym piętrze pocieszano lżej rannych i publiczność przedstawieniami teatralnymi. Po wkroczeniu wojsk rosyjskich parter pałacu przeznaczono na Liceum Warszawskie, którego rektorem został autor „Słownika języka polskiego” Samuel Linde. Tutaj kształcił się Fryderyk Chopin, którego ojciec był profesorem liceum. Istniało zatem miejsce z tradycjami i zaplecze profesorskie z Towarzystwa Przyjaciół Nauk, stąd był już krok do powołania uniwersytetu.
Sprawa powołania szkoły wyższej w Warszawie po pokonaniu Napoleona przez Rosję nie była jednak przesądzona. Car Aleksander I słynął z obłudy, często określano go mianem Sfinksa, a po zwycięstwie nad cesarzem Francuzów „wycofywał się z liberalnego kursu, także w dziedzinie oświaty”, pisała historyczka Maria Wawrykowa. Jego poglądy zmieniły się jednak na kongresie wiedeńskim. Gdy sprzeciwiono się tam zakusom cara zjednoczenia ziem polskich pod jego berłem, imperator „skłonny był wówczas, przynajmniej z Warszawy, uczynić duchową stolicę wszystkich Polaków”. Tym samym otworzył ścieżkę do powołania wyższej uczelni.
Na jej rzecz działali Stanisław Kostka Potocki, Stanisław Staszic i Wojciech A. Szweykowski. To oni, zanim powołano do życia Królestwo Polskie w 1815 r., złożyli na ręce cara memorandum o potrzebie stworzenia szkoły wyższej w Warszawie. Lecz tego, który z nich był ojcem założycielem, nie wiemy. „Jak dotąd nie odpowiedziano wyczerpująco na pytanie, kto jest ideowym fundatorem czy też ojcem-założycielem Uniwersytetu Warszawskiego (…) Dopiero szczegółowe, oparte na archiwaliach badania historyka mogą w pełni wyjaśnić tę kwestię” – zauważył w 2005 r. historyk Jerzy Miziołek.
I wreszcie 19 listopada 1816 r. car wydał wspomniany dekret ustanawiający uczelnię wyższą. Tak powstała akademia zwana najpierw Szkołą Główną, potem Uniwersytetem Królewsko-Warszawskim, a od 1829 r. Uniwersytetem Aleksandrowskim, w dowód wdzięczności dla cara. Otrzymała wolność w dziedzinie nauczania, badań i nadawania stopni naukowych. Publikacje pracowników nauki nie podlegały cenzurze, zresztą zgodnie z konstytucją 1815 r., w której zagwarantowano wolność słowa. Jednak z biegiem lat nie tylko wprowadzono, ale i zaostrzano cenzurę.
31 grudnia 1816 r. kolejny dekret Aleksandra I powołał Radę Ogólną Szkoły Głównej Warszawskiej, której przewodniczył Staszic. Dwie istniejące szkoły, Prawa i Lekarską, przekształcono w wydziały, Szkołę Główną podporządkowano Komisji Rządowej Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego kierowanej przez Stanisława Kostkę Potockiego. Regulamin placówki opierał się na przepisach Szkoły Prawa i Szkoły Lekarskiej; dopiero później władze uczelni wydały „Tymczasowe Urządzenie Wewnętrzne Uniwersytetu Królewskiego Warszawskiego”. 29 marca 1817 r. pojawiła się też nazwa Uniwersytet, zastępująca pierwotną nazwę Szkoła Główna, z wydziałami Teologii, Prawa, Medycyny, Filozofii, Nauk i Sztuk Pięknych.
Nazwy Szkoła Główna i Uniwersytet miały znaczenie nie tylko symboliczne, ale praktyczne, gdyż były związane z profilem kształcenia. Stanisław Kostka Potocki stawiał nacisk na edukację wysoko wykwalifikowanych kadr, których tak bardzo brakowało w Królestwie Polskim. Natomiast inni luminarze przychylali się raczej do koncepcji twórcy uniwersytetu w Berlinie Wilhelma Humbolta oraz Johanna G. Fichtego, którzy chcieli kształcić studentów, szczególnie w naukach ogólnych teoretycznych, lecz jeszcze bardziej rozwijać konkretne badania naukowe.
Pierwszym rektorem został ksiądz pijar, teolog i profesor literatury w Liceum Warszawskim Wojciech A. Szweykowski. Jak to w gronie profesorskim bywa, wzajemna krytyka i niechęci sprawiły, że niektóre katedry obsadzono późno, a na dodatek np. filozofię wykładano po łacinie. Nic dziwnego, że przyszły wybitny okulista i neohumanista Wiktor Feliks Szokalski po wysłuchaniu wykładów łacińskich prof. Krystyna Lacha Szyrmy, mówiącego z angielskim akcentem, napisał, „żeśmy się rozumieli jak gęś z prosięciem”.
Mimo wszystkich niedogodności Uniwersytet Warszawski mógł się pochlubić tym, że był niemal rówieśnikiem Uniwersytetu Berlińskiego, a na wykładowców do 35 katedr nie sprowadzono żadnego cudzoziemca, jak to np. zdarzało się w Wilnie. Toteż profesor ekonomii Fryderyk Skarbek pisał z dumą: „Niewiele było wszechnic, nawet między niemieckimi, które by miały tak obszerny zakres we wszystkich gałęziach nauki i umiejętności jak Uniwersytet Warszawski”. A Kostka Potocki dodawał: „Wznosi się Uniwersytet nad inne szkoły, jak cedry Libanu nad inne drzewa i tym nad nimi góruje, że tam się uczniowie na ludzi, tu się ludzie kształcą na mężów, tam się uczy młodzież, tu się uczoną staje”. Porównywał on uniwersytet w Krakowie, założony przez Kazimierza Wielkiego, i w Wilnie erygowany staraniem Stefana Batorego do „odciętych od nas” głów, więc tym mocniej sławił Aleksandra I, który szedł „w ślady wielkich królów”.
Uposażenie kadry profesorskiej było całkiem przyzwoite. Za 6 godzin pracy ze studentami w tygodniu profesor pobierał pensję 6 tys. zł rocznie, podczas gdy obiad z czterech potraw, np. w traktierni na rogu Freta i Mostowej, kosztował 1 zł 15 gr. Pieniądze czerpano w większej części z czesnego studenckiego wynoszącego 100 zł rocznie. Jeśli słuchacz przedstawił „świadectwo ubóstwa”, na ogół był zwolniony z płacenia czesnego; najzdolniejsi mogli liczyć na stypendium od 600 do 1 tys. zł, co pokrywało koszty stancji i wyżywienia. Inni dorabiali sobie udzielaniem korepetycji itp. Półtora tysiąca żaków w mieście sprawiło ponadto, że „pod względem liczby słuchaczy Uniwersytet Warszawski znalazł się w czołówce uczelni europejskich”, a profesorowie i studenci „nadali miastu prawdziwie akademicki polor”, pisali Wawrykowa i Miziołek.
Aż 15 proc. studentów pochodziło spoza Królestwa, z tzw. ziem zabranych Rzeczpospolitej. Szczególnie oblegane były kierunki prawa (50 proc.) oraz nauk i sztuk pięknych (20 proc.). W rezultacie doszło do nadprodukcji prawników „do tego stopnia, iż między sądowymi woźnymi znajdowali się magistrowie prawa”, synowie szlachty, pisał Szokalski. Uniwersytet stał się szkołą, w której nie kierowano się jednak pochodzeniem: wprawdzie ponad połowę stanowili herbowi, ale 40 proc. mieszczanie, a ok. 2 proc. chłopi. Ci ostatni garnęli się głównie na Wydział Teologii (30 proc.), podobnie jak drobnomieszczanie (w sumie 70 proc.), gdyż przywdzianie sutanny kojarzyło się z zabezpieczeniem materialnym na przyszłość i większą nadzieją na zbawienie w niebiosach. Natomiast Wydział Nauk i Sztuk Pięknych był mniej więcej równo obsadzony przez studentów wywodzących się ze szlachty, jak i mieszczan. Za to Wydział Lekarski przyciągał głównie młodzież mieszczańską, także z zagranicy.
W „Słowniku biograficznym studentów Uniwersytetu Warszawskiego w latach 1808–31” Rafał Gerber zauważył też, że uczelnia nie preferowała żadnego z wyznań: oczywiście ogromną przewagę mieli katolicy, gdyż przeważali w Królestwie, ale studiowali tu również niemieccy ewangelicy, często ulegający polonizacji, i Żydzi wyznania mojżeszowego, którzy dość łatwo, aby ułatwić sobie karierę, przyjmowali chrzest. Sesje odbywały się między 15 a 30 września, egzamin trwał co najmniej pół godziny, a niezaliczenie oznaczało powtórzenie roku, gdyż egzaminu poprawkowego nie znano.
Barokowy Pałac Kazimierzowski – główny budynek uniwersytecki, widoczny z Krakowskiego Przedmieścia i od strony Wisły (znany w XVII w. jako Villa Regia) – został upiększony w duchu neoklasycystycznym. Dawne pastwisko splantowano i założono tam piękne klomby. Podziw budził ogród: „Żebyś wiedział, jakie odmiany w naszym Ogrodzie Botanicznym, to byś się wziął za głowę – pisał student Fryderyk Chopin do przyjaciela Jana Białostockiego 15 czerwca 1826 r. – Takie klomby porobili, drogi, plantacje, krzewy itd., że aż miło wejść, zwłaszcza że mamy klucz do niego”. Nic dziwnego, że w takich warunkach przyrody pięknej i niepowtarzalnej młodzież chętnie czytała wypożyczone książki, gotując się do zajęć. Podziw budziły przejrzysta symetria kampusu, jak i zbiory muzealne, bibliofilskie, artystyczne i inne: zwiedzający ponownie w czerwcu 1830 r. naukową stolicę polską Aleksander Humboldt „oświadczył, iż nie spodziewał się znaleźć tak dokładnie urządzonych i tak bogatych gabinetów; szczególniej zadowoliło go Obserwatorium [Astronomiczne]”. Humboldt zaprosił profesorów polskich do ściślejszej współpracy z uczonymi niemieckimi, co było ewenementem, zważywszy pruską pogardę wobec „Irokezów północy” – Polaków.
Młodzież uniwersytecka – jak każda – była krytycznie i buntowniczo usposobiona, tym bardziej że naprzeciw stanął naczelny wódz wojska polskiego, sadystyczny wielki książę Konstanty Romanow. Dławił swobody, nawet na ulicach wprowadzał wojskowy dryl, a konstytucję nazywał konfuzją. Tym, którzy się na nią powoływali, kazał gołymi rękami zbierać i wywozić gnój po koniach na placu Saskim. Toteż wiele zależało od rektora Szweykowskiego, który umiał uśmierzać wrzące nastroje wśród studentów.
W 1819 r. zmarł Kostka Potocki, a w styczniu 1826 r. Stanisław Staszic. Podczas pogrzebu „można by powiedzieć, że cała Warszawa przywdziała po nim żałobę” – pisał słuchacz Uniwersytetu Jan Nepomucen Janowski, korzystający z dobrodziejstwa wsparcia finansowego dzięki świadectwu ubogich. Oczywiście studenci mieli swoich faworytów: literaturoznawca i poeta Kazimierz Brodziński był postacią uwielbianą. Zachwycał się nim młody Chopin, kiedy uczony przedstawiał swą niezwykłą rozprawę „o zastosowaniu poezji do muzyki z tablicami poglądowymi”. Joachim Lelewel był profesorem bibliografii, ale historyczne skrzydła rozwinął na Uniwersytecie Wileńskim; niedługo, gdyż w 1824 r., wydalono go z Litwy za działalność spiskową. Dwa jego dzieła o bibliografii i dziejach bibliotek dotąd są nieocenionym źródłem dla badaczy. Studenci doceniali też profesora i historyka literatury Feliksa Bentkowskiego, przyciągał wielu swoimi interesującymi wykładami, ale nie lubili go ze względu na surowość i uległość wobec wielkiego księcia Konstantego.
Nie należy go jednak zbyt surowo oceniać, gdyż i on, i wyżsi urzędnicy, część generalicji, czy niektórzy profesorowie w Królestwie zdawali sobie dobrze sprawę, że konstytucja, sejm, uniwersytet powstały za zezwoleniem imperatora i króla Polski Aleksandra I. Należy zatem czuwać, by rozgorączkowana młodzież nie zniszczyła tych osiągnięć i ostoi państwowości polskiej. To dlatego, w imię utrzymania państwa pod berłem cara, dawni rewolucjoniści zrzucali czapki jakobinów i bonapartystów, jak gen. Józef Zajączek mianowany namiestnikiem, wkładali togi cenzorów, jak niegdyś jakobin Józef Kalasanty Szaniawski, a bohaterscy generałowie Napoleona, jak Aleksander Rożniecki, zmieniali się w szefów tajnej policji i karierowiczów. To Rożniecki wraz z rosyjskim senatorem Nikołajem Nowosilcowem i szefem policji warszawskiej Mateuszem Lubowidzkim z zaciekłością tropił tajne związki młodzieży warszawskiej.
Ale Warszawa nigdy nie była pokorna. Podczas Nocy Listopadowej 1830 r. młodzież uniwersytecka wraz z ukochanym profesorem Lachem Szyrmą wsparła podchorążych. Dla uniwersytetu skończyło się to katastrofą, gdyż po klęsce powstania listopadowego w październiku 1831 r. car Mikołaj I kazał zamknąć wszystkie szkoły wyższe w Królestwie z uniwersytetem na czele. Na jakiś czas nad uczelnią warszawską zapadła kurtyna milczenia.
„Rzecz dziwna rzeczywiście, że pamięć o Uniwersytecie Aleksandryjskim, który istniał u nas do 1830 r., jakaś obojętność pokrywa – pisał Wiktor Szokalski. – A jednak instytucja ta położyła ogromne zasługi, wykształciła bowiem kilka tysięcy ludzi, których inteligencją żył kraj w najsmutniejszych swych czasach”.