Komisję powołano na podstawie ustawy o stosunku państwa do Kościoła katolickiego, przyjętej jeszcze przez Sejm PRL w 1989 r. Bp Andrzej Dydycz, ordynariusz drohiczyński, w liście do wiernych odczytanym w ostatnią niedzielę, 14 listopada, napisał: „podziwiam tamtych posłów. Oni byli uformowani w nienawiści do Kościoła (...). A jednak potrafili zdobyć się na gest sprawiedliwości. Za to chcę więc wyrazić im wdzięczność i jakieś uznanie”. Ta zadziwiająca jak na biskupa mocno związanego z Radiem Maryja pochwała posłów w większości z legitymacjami PZPR pozornie tylko zaskakuje. Pozwoliła ona bp. Dydyczowi w tym samym liście uwypuklić pretensje do dzisiejszych polityków i urzędników, którzy – jak to przedstawił – zwrócili tylko 20 proc. utraconego kościelnego mienia.
Przy likwidacji komisji stosowana jest nietypowa technika prawodawcza. Zgodnie z art. 25 Konstytucji RP wzajemne stosunki między państwem i Kościołami (nie tylko katolickim) regulowane są ustawami, a w przypadku Kościoła katolickiego także umową ze Stolicą Apostolską (konkordatem z 1993 r.). Nowelizacja ustawy z 1989 r. wymaga wcześniejszego podpisania umowy o jej zmianie między Radą Ministrów a Sekretariatem Konferencji Episkopatu Polski. Uzgodniony przez ministrów i biskupów zasiadających w Komisji Wspólnej projekt nowelizacji ustawy jest załącznikiem do tej umowy.
MSWiA projekt umowy i ustawy przesłało resortom do konsultacji, a te zgłosiły poprawki. 10 listopada br. Rada Ministrów dostała tylko „informację” o projekcie ustawy, bo do poprawek musi się odnieść strona kościelna. Jeśli je zaakceptuje i Rada Ministrów podpisze umowę z Sekretariatem KEP, to projekt nowelizacji trafi do Sejmu. Tu mogą się zacząć legislacyjne schody, bo czy Sejm (suweren) może być związany treścią umowy między rządem a episkopatem?