Janusz Palikot odświeżył pomysł likwidacji finansowanego przez państwo Funduszu Kościelnego. Zamiast tego wierni odpisywaliby na Kościół 1 proc. swojego podatku. Episkopatowi pomysł bardzo się spodobał, ministrowi finansów nie. Rachunek jest prosty – Fundusz Kościelny kosztuje budżet 94 mln zł, 1 proc. z PIT mógłby uszczuplić dochody państwa nawet o 500 mln zł rocznie. W dodatku Fundusz Kościelny (z jego konta finansowane są składki emerytalne dla części duchownych oraz odnowa niektórych zabytków sakralnych) nie jest ani jedyną, ani nawet największą dotacją państwa na rzecz Kościoła. Polską specyfiką jest to, że państwo daje dużo i nawet nie chce policzyć ile: wydatki na ten cel zadekretowane są w różnych ustawach i poukrywane w budżetach MON, MEN, Biura Ochrony Rządu, Służby Celnej, ZUS, a nawet w puli środków przeznaczonych na służbę zdrowia. W Ministerstwie Finansów zbiorczych danych nie ma.
Sprecyzowaniem stosunków finansowych na linii państwo–Kościół miała zająć się specjalna komisja, której powstanie zapisano w artykule 22 konkordatu. Nomen omen – ten artykuł żywcem przypomina słynny „Paragraf 22”: mimo że ratyfikowano go w lutym 1998 r., komisja… do tej pory nie powstała. Trudno powiedzieć, której ze stron mniej zależało na jej powołaniu. Kościół przecież i tak zadbał, aby w tym samym artykule znalazł się zapis o uwzględnieniu jego potrzeb. Ale jednocześnie zdawał sobie sprawę, że systemowe uregulowanie finansów wymusi ich jawność, a na to Kościół nie zdecydował się do dziś.
Państwo natomiast ustąpiło na całej linii.