Film „Kler” to ostra krytyka pogrążonego w kryzysie polskiego Kościoła. O tym, że jest to kryzys głęboki, świadczy wywiad księdza Małkowskiego dla portalu Fronda.pl., w którym znany kapłan atakuje nie tylko film „Kler”, ale także obecne kierownictwo Watykanu i osobę Ducha Świętego. „Duch Święty dawał nam bardzo mądrych, świętych papieży. Niestety, papież Franciszek taki nie jest” – ocenia Małkowski, dając do zrozumienia, że z Duchem Świętym musi się dziać coś niepokojącego, skoro z wyborem Franciszka aż tak się zagalopował.
Czy to sygnał głębszego intelektualnego kryzysu Ducha Świętego i czy jest nadzieja, że jego osoba się z tego kryzysu wydobędzie? Ks. Małkowski mimo doznanego rozczarowania na szczęście pozostaje optymistą i Ducha Świętego całkowicie nie skreśla. Jak powiada, w historii Kościoła zdarzało się, że Duch Święty promował papieży o wiele gorszych od Franciszka, ale zawsze wcześniej czy później zastępował ich papieżami lepszymi „i w ten sposób wyprowadzał Kościół nieraz z bardzo trudnych sytuacji”. Czy wyprowadzi i tym razem? Zobaczymy, z tym że fakty, takie jak pojawienie się Franciszka w Watykanie czy filmu „Kler” na ekranach naszych kin, muszą przygnębiać, bo świadczą o tym, że możliwości Ducha Świętego z roku na rok maleją.
Panuje opinia, że w kryzysie pogrążony jest dziś nie tylko Duch Święty, ale także inna kultowa dla niektórych Polaków postać – prezydent Andrzej Duda. Rozmaici publicyści, chcąc zrozumieć jego ostatnie zachowania (np. dziwną aktywność w mediach społecznościowych), pytają, czy coś złego dzieje się z głową państwa i kto tą głową kieruje? Są sygnały, że problemy dotknęły również głowę żony głowy, co zostało utrwalone na filmie ukazującym jej niecodzienną taneczną reakcję na widok antyprezydenckiej pikiety w Nowym Jorku.