Mała Ofelia jest mimowolnym świadkiem tych wydarzeń, jej matka wyszła bowiem za kapitana Vidala, faszystę oddanego bez reszty generałowi Franco. Właśnie przeprowadzają się do wiejskiej posiadłości ojczyma, gdzie mama Ofelii ma urodzić nowemu mężowi dziecko. W czasie leśnego postoju dziewczynka odłącza się od reszty podróżników i wtedy po raz pierwszy spotyka pewne znaki, które wkrótce doprowadzą ją do tajemniczego labiryntu.
Ów labirynt znajduje się w pobliżu domu ojczyma, króluje w nim Faun (w mitologii syn Hermesa, wyjątkowo brzydki, wyśmiewany na Olimpie, dlatego wolał zamieszkać pośród leśnych stworów). Kapitan Vidal, rozprawiający się brutalnie z republikańską partyzantką, budzi w Ofelii przerażenie większe niż potwory, które spotyka w labiryncie, gdzie, jak się okaże, ma do spełnienia pewną misję. Przede wszystkim jednak musi poznać samą siebie, zanim przekroczy pierwszy próg dorosłości.
„Labirynt Fauna” jest filmem bardzo wieloznacznym. To przedstawiona w konwencji fantasy rzecz o istocie faszyzmu, zarazem opowieść o tryumfie wyobraźni nad przerażeniem, które niesie realny świat. Przede wszystkim zaś jest to kino wręcz zachwycające w swej warstwie wizualnej. Reżyser wraz z autorem zdjęć Guillermo Navarro (nagrodzonym za tę pracę Oscarem, a wcześniej Złotą Żabą na łódzkim Camerimage) wykreowali piękny i zarazem przerażający świat, który wciąga widza niczym Ofelię labirynt Fauna. Film, mimo swej baśniowości, zdecydowanie bardziej dla dorosłych niż dla dzieci.