Takiego poruszenia nie było w Polsce od dawna. To, co zaczęło się od indywidualnego sprzeciwu Ewy Milewicz, stało się największą w wolnej Polsce falą inteligenckich protestów.
Konferencja rektorów stwierdza, że „pospieszne tworzenie prawa wynikające z doraźnych potrzeb politycznych oraz będąca tego konsekwencją niska jakość rozwiązań legislacyjnych idzie w parze z kwestionowaniem tradycyjnych wartości, na których oparte jest państwo prawa”. Prezydium PAN „wyraża sprzeciw wobec represyjnych przepisów” ustawy lustracyjnej, które „gwałcą zakorzenioną głęboko w polskiej tradycji zasadę autonomii szkolnictwa wyższego i nauki”. Senat Uniwersytetu Gdańskiego potępia ustawę, a rektor zapowiada, że nikogo za niepoddanie się lustracji nie zwolni. Podobne oświadczenie ogłasza rektor Uniwersytetu Łódzkiego. Rektor UJ wstrzymuje wysłanie oświadczeń lustracyjnych do IPN. Senat Uniwersytetu Warszawskiego uważa, że „należy wstrzymać wszelkie czynności związane z wykonaniem tzw. ustawy lustracyjnej”. To stanowisko podziela Naczelna Rada Adwokacka, która popierała lustrację adwokatury.
Najgłośniej i najostrzej protestują jednak akademiccy prawnicy. Wydział Prawa Uniwersytetu Warszawskiego ostrzega, że zagrożona jest polska demokracja i wylicza łamiące konstytucję uchwalone przez parlament przepisy. Wydział Prawa Uniwersytetu Śląskiego stwierdza, że lustracja „wprowadza obowiązek samooskarżania się, choć w cywilizowanych krajach zapewnia się prawo do milczenia nawet sprawcom najcięższych zbrodni”. Rada Naukowa Instytutu Badań Literackich wyraża przekonanie, że ustawa narusza prawa obywatelskie. Senat Collegium Civitas wyraża zaniepokojenie słabościami ustawy. Rzecznik praw obywatelskich zaskarża część ustawy do Trybunału Konstytucyjnego.