Nawet ludzie Kościoła przyznają, że Fundusz Kościelny to relikt PRL niepasujący do obecnych realiów ekonomicznych i że są gotowi do rozmowy z rządem na ten temat. Rządy lewicy takich rozmów nie podejmowały, za to grupa senatorów SLD i UP zgłosiła niedawno projekt likwidacji Funduszu. Autorom projektu chodziło o porządkowanie ubezpieczeń zdrowotnych opłacanych z pieniędzy publicznych; Kościół uznał pomysł za wykopanie topora wojennego.
Złe wspomnienia z czasów PRL, kiedy Funduszu używano jako marchewki i kija w stosunkach z Kościołem, popchnęły niektórych hierarchów do ostrego sprzeciwu. Jeden z dostojników skojarzył inicjatywę z Feliksem Dzierżyńskim, co jest obraźliwe przede wszystkim dla ofiar komunistycznego terroru. Odebranie składki ubezpieczeniowej to nie to samo co kula w tył głowy lub dziesięć lat gułagu.
Fundusz powstał w marcu 1950 r. Przy okazji reformy rolnej pozbawiono Kościół ponad 150 tys. hektarów ziemi. W zamian władze zobowiązały się łożyć na cele religijne z dochodów uzyskiwanych z przejętych dóbr kościelnych. Po 1989 r. Fundusz utrzymano, choć Kościół odzyskał znaczną część odebranego mu majątku. Ze środków budżetowych państwa pokrywa on częściowo ubezpieczenia społeczne i zdrowotne duchownych i w całości ubezpieczenia społeczne członków zakonów kontemplacyjnych. Duchownych korzystających z Funduszu jest 20 tys. W 2003 r. budżet Funduszu wyniósł 78 mln zł. Lwią część pochłonęły składki ubezpieczeniowe (66 mln), 11 mln wydano na inne statutowe cele: remonty i konserwacje zabytków sakralnych (6 mln), działalność dobroczynną (3 mln) i oświatowo-wychowawczą (2 mln).
Poszło więc o niecałe 80 mln – tyle zaoszczędziłby budżet państwa, gdyby projekt likwidacji Funduszu się ostał. Ale się nie ostał, bo Sejm odrzucił zgłoszoną przez Senat poprawkę do ustawy zdrowotnej.