Niektóre zarzuty wobec NIK, mimo wyraźnych politycznych motywacji oskarżycieli, mają uzasadnienie. Niepokojąco spada skuteczność Izby w odzyskiwaniu stwierdzonych przez nią samą uszczupleń budżetu państwa. A jest to najważniejsza, bo finansowo wymierna działalność tej instytucji. Oznacza to, że powiększa się różnica pomiędzy stratami budżetu, jakie wykrył NIK, a sumami, które Izba realnie odzyskuje. W 1997 r. uratowano jeszcze 44 proc. stwierdzonych strat, w rok później już tylko 11 proc., a w ubiegłym roku – 10 proc. Ma to duże znaczenie dla oceny instytucji, gdyż tylko kwoty naprawdę odzyskane świadczą o skuteczności NIK. Malejący ich procent może wskazywać, że coraz więcej
stwierdzanych przez NIK „uszczupleń” jest kwestionowanych, jak ostatnio w przypadku fundacji Animals, lub też nie dość precyzyjnie określony jest ten, kto ma zwrócić pieniądze. Co prawda NIK wciąż odzyskuje około dwukrotnie większe sumy, niż wynosi budżet tej instytucji, ale trudno stosować takie zasady rentowności do głównego strażnika państwowych pieniędzy.
Nie ma winnych
Inny zarzut polityków dotyczy zbyt małej aktywności NIK, gdy chodzi o wskazywanie konkretnych sprawców nadużyć i malwersacji. Rzeczywiście, raporty Izby często przypominają prawniczą publicystykę i naukowe analizy, w których stwierdza się bardzo zły stan jakiejś dziedziny życia publicznego, ale postulaty tyczące pociągnięcia kogoś do odpowiedzialności są wątłe. W ostatnim okresie NIK kierował do organów ścigania około stu wniosków rocznie. Jak na wielość i powagę spraw, jakie bada NIK, liczba ta wydaje się nader skromna. Nie chodzi o szukanie złodziei na siłę, ale przypomnijmy, że Izba kontroluje niemal 5 tys.