Władze partyjno-państwowe uznały orędzie powstałe w soborowej atmosferze pojednania za niedopuszczalną ingerencję w zastrzeżone dla nich samych obszary aktywności dyplomatycznej, tym bardziej że biskupi nie powiadomili oficjalnymi kanałami władz PRL o przygotowywanym liście. Sam I sekretarz Komitetu Centralnego PZPR Władysław Gomułka poczuł się nim osobiście dotknięty, będąc szczególnie wrażliwy w kwestii stosunków z Niemcami. Istotny wpływ na stosunek Gomułki do inicjatywy biskupów miała zapewne wzajemna niechęć panująca między nim a prymasem Wyszyńskim oraz odpowiedź biskupów niemieckich – powściągliwa i bynajmniej nie uznająca ostatecznego charakteru polskiej granicy zachodniej, będącej, jak pisali autorzy orędzia, dla Niemców „gorzkim owocem”, dla Polski zaś „sprawą egzystencji”. Wszystkie te czynniki stanowiły doskonały pretekst do wytoczenia armat przeciwko Kościołowi, od dłuższego już czasu przygotowującego się do obchodów milenijnych, tym samym rozpoczynając kilka miesięcy wcześniej walkę o rząd dusz w narodzie.
W pierwszych dniach grudnia opracowano w Wydziale Administracyjnym KC PZPR „Uwagi i propozycje w związku z listem biskupów polskich skierowanym do biskupów niemieckich”, w których jednoznacznie negatywnie oceniono orędzie, określając je jako działanie podjęte pod naciskiem niemieckim i stronnictwa proniemieckiego w Watykanie. Dokument ten zawierał także plan wielkiej akcji propagandowej, której celem było: potępić postawę Kościoła i jego hierarchów jako „antynarodową i antysocjalistyczną”, wykazać „fałszowanie przez Kościół dziejów narodu polskiego”, wreszcie doprowadzić do powstania podziałów wśród wyższego i niższego duchowieństwa.