Dossier Henryka Walezego, brata Karola IX, obciąża niejasny do końca udział w masakrze w dzień św. Bartłomieja 1572 r. Sprawa ta zaczęła się od chwili, gdy królowa matka, Katarzyna Medycejska, de facto sterująca polityką francuską, zdołała przekonać swego syna, panującego króla Karola IX, że jedynie ślub jej córki Małgorzaty de Valois z protestanckim królem Nawarry Henrykiem Burbonem (w przyszłości: Henrykiem IV) może przerwać konflikty religijne.
Henryk Burbon pojawił się więc w Paryżu, ale w żałobie po śmierci matki Joanny d’Albert (przyśpieszonej, jak głosiły uporczywe plotki, przez truciznę Katarzyny Medycejskiej). Henryka otaczało 800 panów hugenockich z liczną służbą, nie licząc kupców, mieszczan itp. Przybywało ich coraz więcej i w sumie była to niemała armia. Ślub odbył się 18 sierpnia 1572 r. w katedrze Notre Dame w dwóch etapach: najpierw bowiem panowie katoliccy uczestniczyli w nabożeństwie, a panowie hugenoccy poza admirałem Colignym czekali przed bramą i dopiero tam kardynał Karol de Burbon połączył ręce nowożeńców.
Jak dotąd sprawy szły ku zgodzie. Z okazji wesela wystawiono nawet alegoryczną maskaradę „Raj miłosny”, odgrywaną przez króla Karola IX, Henryka i Franciszka Walezjuszy oraz Henryka Burbona. Admirał sztukę obejrzał, a następnego dnia podziwiał Walezjuszy w roli Amazonek, Henryka Burbona zaś jako Turka. 22 sierpnia 1572 r. Coligny uczestniczył w Radzie Królewskiej. Jednakże spokój był pozorny: gdy admirał wracał do domu wynajętego przy ulicy de Béthisy – z okna padły strzały, jeden strzaskał mu ramię.
Admirał Coligny był dzielnym żołnierzem. Po zawarciu pokoju religijnego w 1570 r. wrócił do łask Karola IX. Na swój sposób król kochał admirała, nazywał go nawet ojcem, cenił za to, że ten kalwiński wojownik usiłował zjednoczyć wszystkich Francuzów – bez względu na wyznanie – w walce z Hiszpanami, tj.