Uroczysty pogrzeb zamordowanej carskiej rodziny odbył się 17 lipca 1998 r., w 80. rocznicę popełnionej w Jekaterynburgu zbrodni. W petersburskim Soborze Piotra i Pawła spoczęły zwłoki Mikołaja II, cesarzowej Aleksandry i trzech ich córek, wielkich księżnych Olgi, Tatiany i Anastazji, a także czterech dworzan, którzy dobrowolnie towarzyszyli Romanowym na zesłaniu. Ale groby przeznaczone dla Marii i Aleksego pozostały puste, bo historykom nie udało się wówczas natrafić na ich prochy.
Poszukiwania tej dwójki zakończyły się sukcesem dopiero w lipcu 2007 r. Na ślad rodzeństwa naprowadziły odtajnione zapiski Jakowa Jurowskiego, dowódcy plutonu egzekucyjnego. Dokument – długo uważany za fałszywkę – pomógł poszukiwaczom w odkryciu szczątków – a właściwie fragmentów kości o wadze ok. 60 g – zaledwie 70 m od miejsca, gdzie w 1991 r. znaleziono Mikołaja, Aleksandrę i trzy wielkie księżne.
Prokuratura Federacji Rosyjskiej wznowiła śledztwo w sprawie zabójstwa Romanowów zawieszone w 1998 r. Na czele grupy dochodzeniowej ponownie stanął Władimir Sołowjow, śledczy ds. nadzwyczajnych w Komitecie Śledczym Federacji Rosyjskiej. Wstępna ekspertyza przeprowadzona przez Nikołaja Niewolina, uralskiego specjalistę medycyny sądowej, ujawniła, że kości należą do młodej kobiety w wieku 17–20 lat (w chwili śmierci Maria miała 19 lat) i 12–14-letniego chłopca (Aleksy miał prawie 14). Ustalono też, że Mikołaj i Aleksandra oraz ich domniemany syn mają identyczne wypełnienie zębów; pokrywały się też parametry kul znalezionych w 1991 i 2007 r.
Ale najważniejsze były testy genetyczne, do których przeprowadzenia zaangażowano 22 specjalistów z 12 instytucji naukowych, w tym prof. Walthera Parsona, światowej sławy genetyka sądowego z Uniwersytetu Medycznego w Innsbrucku, i Michaela Cobbla, amerykańskiego uczonego odpowiedzialnego za identyfikację ofiar 11 września.