Prezes Najwyższej Izby Kontroli jest praktycznie nieusuwalny. Nawet Sejm, który go wybrał na stanowisko, praktycznie nie może prezesa odwołać, chyba że zapadnie prawomocny wyrok sądowy za popełnione przestępstwo. Prezesowi Kwiatkowskiemu prokuratura stawia cztery zarzuty w związku z tzw. przestępstwem urzędniczym. Miał wpływać na przebieg wyborów m.in. dyrektorów łódzkiej i rzeszowskiej delegatury NIK.
Sprawą od kilkunastu miesięcy zajmuje się CBA i Prokuratura Apelacyjna w Katowicach. To śledztwo dotyczy też szefa parlamentarnego klubu PSL Jana Burego, który miał wpływać na wybór swojego kandydata w rzeszowskiej delegaturze NIK i negocjować wyniki kontroli w jednej z podkarpackich gmin.
Burego zostawmy na boku, wokół niego raz po raz wybuchają jakieś skandale, to już trochę nudne. Co innego sprawa Kwiatkowskiego. Do tej pory miał świetną opinię, szanowali go nawet przeciwnicy polityczni. Zawsze wydawał się przezroczysty, żadnych wpadek, żadnych niegodnych zachowań. Uważano go za potencjalnego rywala samego Donalda Tuska w szeregach Platformy Obywatelskiej. Jego odejście z funkcji szefa resortu sprawiedliwości i późniejsze kandydowanie na prezesa NIK odczytywano jako wypchnięcie rywala na boczny tor.
Kwiatkowski był (i jest nadal) bardziej utalentowanym urzędnikiem niż politykiem. W NIK sprawdzał się znakomicie, a wyniki kolejnych kontroli, często demaskujących niewłaściwie poczynania obozu rządzącego, z którego sam się przecież wywodzi, dowodziły jego niezależności.
Prokuratura przedstawiła swoje dowody, twierdząc, że są mocne. Pochodzą głównie z podsłuchów. Kwiatkowski miał doradzać swojemu kandydatowi na dyrektora, jak ma się przygotować do konkursu. Zalecił mu mianowicie, aby zapoznał się ze swoją wcześniejszą prezentacją i zgodnie z jej treścią odpowiedział na pytanie, co by zmienił w funkcjonowaniu NIK.