Poświęcone rozterkom, doznaniu i rozumieniu wiary niedającej się zamknąć w racjonalistycznych ludzkich kategoriach „Milczenie” w niczym nie przypomina nawiedzonych, panteistycznych symfonii Terrence’a Malicka ani brutalnych kazań Mela Gibsona. Najbliżej mu do surowej powagi dawnych obrazów Ingmara Bergmana i Roberta Bressona, gdzie też medytowano nad tajemnicą boskiej natury i wiary. Od pierwszych, wyłaniających się z mgły kadrów, aż po nieoczywisty finał Martin Scorsese prowadzi niepokojący wywód, którego celem jest przeżycie wraz z bohaterem, jezuitą Sebastião Rodriguesem, osobliwej drogi krzyżowej.
Milczenie Boga albo głuchota człowieka – taki jest temat widowiska religijnego, wystylizowanego na chłodny, oddalony od współczesnych realiów moralitet. Próbuje się w nim objąć refleksją psychikę portugalskiego misjonarza poddawanego niewyobrażalnej presji, ekstremalnej próbie. Film o martyrologii, zwątpieniu i apostazji, jakby wtórny wobec „Misji” Rolanda Joffe, gdzie stawką również była utrata religijnych złudzeń. Scorsese idzie jednak znacznie dalej. Pyta, czy jeśli w imię większego dobra jest się zmuszonym do wyparcia się wiary, a potem publicznie działa się przeciwko niej, można zachować w sercu czystość, uważać się za wierzącego? Czy to oznacza zdradę?
Rodrigues, grany przez Andrew Garfielda, podejmuje heroiczną próbę obrony katolickich wartości, zachowania swoich przekonań po tym, jak z potajemną misją trafia z księdzem Francisco Garupe (Adam Driver) do wioski Tomogi w zachodniej części wyspy Kiusiu. Aby ukrócić nieludzkie tortury zadawane japońskim chrześcijanom przez okrutnego tyrana, staje się apostatą – żywym przykładem odstępstwa od wiary.