Od samego początku przygotowań do „Katynia” pojawiało się mnóstwo pytań i wątpliwości – o czym miałby być dzisiaj ten film, jak pokazać ofiary i jak przedstawić zbrodniarzy? Przecież choć historia ostatecznie się nie skończyła, to jednak narody są obecnie bardziej niż kiedykolwiek skłonne do przebaczania sobie win. Kto potrafi napisać scenariusz na miarę oczekiwań? Najpierw był projekt Włodzimierza Odojewskiego (autora powieści „Zawieje wszystko, zasypie”), z którego Wajda ostatecznie zrezygnował, potem Andrzej Mularczyk napisał „Post mortem” – na podstawie tego tekstu powstał ostateczny scenariusz, pod którym podpisała się trójka autorów (Andrzej Wajda, Przemysław Nowakowski, Władysław Pasikowski).
Powiedzmy od razu, scenariusz, rezultat długotrwałych prac i uzgodnień, nie jest najmocniejszą stroną filmu. Przede wszystkim brakuje w nim głównego bohatera, którego los wyrażałby dramat tamtego tragicznego pokolenia, a więc kogoś takiego jak Maciek Chełmicki w „Popiele i diamencie”. Mamy wprawdzie paru bohaterów pełnowymiarowych, ale pojawiają się też na ekranie postaci ledwie naszkicowane, niepogłębione psychologicznie. Dlatego też nie wszystkie wątki filmu mają jednakową siłę dramatyczną. Ale to rezultat założonej koncepcji – „Katyń” ma być bowiem epopeją przedstawiającą losy zbiorowe.
W przesłaniu zamieszczonym w charakterze wstępu do książki Andrzeja Mularczyka „Post mortem” Wajda tak przedstawiał swą wizję „Katynia”: „Film ukazujący do bólu okrutną prawdę, której bohaterami nie są zamordowani oficerowie, lecz kobiety czekające na ich powrót każdego dnia, o każdej godzinie, przeżywające nieludzką niepewność.